采用单细胞RNA测序技术研究胃癌淋巴转移的细胞学特征及相关分子机制

来源 :安徽医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:huainanyan_sxnu
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
目的探讨胃腺癌发生发展过程中与淋巴转移相关的细胞学特征及分子机制的改变。方法收集在安徽医科大学第二附属医院胃肠外科行胃癌根治术的淋巴结转移阳性及阴性各一名患者的胃腺癌组织及癌旁组织,采用单细胞RNA测序技术研究样本中的细胞学特征及相关标记基因。利用实时定量PCR检测主细胞3的标记基因XIST和窝状黏液细胞3标记基因CXCL5的表达水平。采用独立样本t检验分析XIST、CXCL5表达水平在淋巴结转移阳性和淋巴结转移阴性患者胃癌组织中表达水平的差异,以P<0.05为差异有统计学意义。结果(1)对两名胃腺癌患者的癌组织及癌旁组织进行单细胞RNA测序,共鉴定出11种主要细胞类型及相应的标记基因。对胃癌组织细胞类型进行比较,与淋巴转移阴性的胃癌组织相比,淋巴转移阳性胃癌组织中的主细胞占比显著升高。(2)根据主细胞的转录谱自动聚类,将主细胞分为4个亚型,对转录轨迹分析,发现主细胞2、主细胞3、主细胞1向癌细胞的转录过渡状态。主细胞3在淋巴转移阳性患者的胃癌组织样本中显著富集。(3)根据窝状粘液细胞的转录谱自动聚类,将窝状粘液细胞分为3个亚型,其中窝状黏液细胞3主要富集于淋巴转移阳性患者的胃癌组织标本中,和癌细胞之间有很强的相互作用。(4)淋巴转移阳性的胃癌组织中,XIST的表达水平为(0.297±0.261),淋巴转移阴性的胃癌组织中,XIST的表达水平为(0.025±0.023),淋巴转移阳性的胃癌组织中XIST表达水平显著高于淋巴转移阴性胃癌组织中XIST表达水平。淋巴转移阳性的胃癌组织中,CXCL5的表达水平为(0.036±0.019),淋巴转移阴性的胃癌组织中,CXCL5的表达水平为(0.008±0.007),淋巴转移阳性的胃癌组织中CXCL5表达水平显著高于淋巴转移阴性胃癌组织中CXCL5表达水平。(5)XIST和CXCL5表达水平均与患者总生存期和无进展生存期相关,XIST与胃癌患者更差的总生存期和无进展生存期相关。结论主细胞3、窝状粘液细胞3及其标记基因XIST、CXCL5有望成为预测胃癌淋巴转移和治疗的分子生物标志物。
其他文献
目的:肝内胆管结石是一种常见的胆道系统良性疾病。由于其复杂和易复发性,如何提高该疾病的临床疗效,改善患者的远期预后一直是肝胆外科医师面对的难题。尽管随着内镜器械及影像技术的发展,内窥镜也成为治疗胆道系统疾病的一种方式。但肝切除术依靠其切除病肝,降低复发的优势,仍在肝内胆管结石的治疗中占据不可替代的地位。近年来,随着外科医生腹腔镜手术经验的不断积累,腹腔镜下肝切除的范围不再局限于单个肝叶或肝段。本研
学位
目的:趋化因子配体11(Chemokine ligand 11,CCL11)可以将嗜酸性细胞募集到肿瘤微环境(Tumor microenvironment,TME)中。此前的研究表明,嗜酸性粒细胞在癌症中发挥免疫调节作用。因此,本文旨在研究CCL11在乳腺癌中的表达和对免疫浸润的影响,及其能否作为预后标志物。方法:首先下载TCGA数据库中的m RNA测序数据分析CCL11在各种癌症类型中的表达情况
学位
宏基因组学研究生物环境中所有物种的基因。目前,大量宏基因组对药物的反应、对人体健康的影响的规律仍未被掌握,亟待深化探究。此外,上万的微生物种类,对研究者的研究工作造成了障碍,而简单的根据门类分类进而分析的功能过少,无法挖掘微生物种群与种群间互相作用的深层机理。社区发现算法对大规模菌群物种进行模块划分得到若干个种群,可较好解决此种问题。近年来,随着高通量测序技术的大规模应用及数据量的飞速增长,进行模
学位
目的结直肠癌是结肠和直肠粘膜上皮和腺体发生的恶性肿瘤,发病率和死亡率均较高,累计肝转移超过15%,为很多国家带来了沉重的健康压力。目前,结直肠癌的主要治疗方法为手术治疗+放化疗,但是继续寻找新的治疗方法却从未停止过脚步。本课题主要研究萝卜硫素对结直肠癌细胞系中eIF4F翻译起始复合物的影响,深入研究相关机制,为萝卜硫素在结直肠癌的治疗提供理论依据。方法(1)收集安医大二附院2015-2017年度结
学位
目的:目前临床上对于卵巢囊肿的诊断主要依靠妇科彩超检查,对于肥胖患者而言,由于腹部脂肪较厚,普通妇科彩超对卵巢囊肿的检出率不如经阴道超声,但后者又存在诸多局限性,如患者不配合等。因此我们拟寻找更加便捷可靠的指标对肥胖合并卵巢囊肿患者进行筛,并评估这些指标在肥胖合并卵巢囊肿患者中的筛查价值。方法:回顾性分析2020年1月-2021年3月入住安徽医科大学第二附属医院医院胃肠外科的单纯性肥胖及肥胖合并卵
学位
随着科技的发展进步和人们生活水平的提高,图像作为信息的重要载体,已经成为现实应用中重要的组成部分,互联网上时刻都会产生海量的图像数据。清晰完整的图像既可以提升人的主观视觉感受,也可以为自动驾驶、公共场所监拍等实际应用完成社会职能提供帮助。遭受恶劣天气(如雨、雾)干扰影响所拍摄的图像会出现细节丢失、颜色失真等质量退化问题。这些退化现象也会破坏图像的原始语义信息,进而对后续的一些如图像分类、目标检测等
学位
背景:踝关节骨折主要是以旋转暴力为主的低能性损伤,根据Lauge-Hansen分型,踝关节骨折可分为旋后外旋、旋前外旋、旋前外展、旋后内收四个大类。旋后内收型(SAD)踝关节骨折是一种特殊类型的踝关节骨折,这种类型的骨折会导致胫骨远端的关节面发生塌陷,从而导致此类骨折手术的失败。因此,骨科医生需要对这种类型的骨折有更多的认识。这种类型损伤的严重程度介于普通踝关节骨折和Pilon骨折之间,基于踝关节
学位
随着城市现代化发展和传感器设备的普及,城市居民和交通工具的活动轨迹都被传感器检测并记录下来。收集高质量的交通数据并建模其中的隐含信息对建设智能交通应用具有重大的现实意义,比如居民出行计划制定、交通拥塞控制等。然而,由于GPS信号干扰或者人为损坏等原因,传感器采集到的交通数据往往都包含缺失值,这限制了交通应用的决策准确性。因此,合理地处理缺失值是交通数据挖掘的首要任务。现有的基于统计机器学习和深度学
学位
随着数据科学的不断发展,数据共享和数据隐私问题日渐彰显,并成为数据科学进一步发展并实现大规模产业化的主要瓶颈。隐私计算技术由此应运而生。针对于分布式机器学习的隐私保护是隐私计算的一个重要分支,解决了不同数据孤岛之间在不泄露数据的前提下合作进行计算的问题。安全多方计算则是隐私计算的一项重要基础技术。在特定场景下,针对基础安全计算协议进行优化,可以在保护数据隐私的前提下进行数据挖掘,同时保证计算效率。
学位
智能合约作为区块链技术2.0的标志性成果,同时,也是WEB 3.0的关键技术,起着至关重要的作用,被广泛使用在各种领域,例如金融,公共审计和物联网等。然而,智能合约却不是十分安全的,存在各种各样的漏洞。更糟糕的是,智能合约一旦被部署在以太坊上,就不能再次更改。同时,在智能合约面临如此巨大安全威胁的情况下,目前仍没有一个高准确性以及通用性的以太坊智能合约自动化检测工具。为此,本文开发了一个基于符号执
学位