科技投入是现代经济增长的关键，由于我国科技投入机制尚不完善，科研管理的创新不能脱离我国的这些现实状况，受研发活动自身特点和性质的影响，研发项目的经费预算与最终的支出很难完全一致，必须科学地做好预决算，并在研究过程中进行适当的成本控制，才能保证研发支出的合理使用。 本文通过对我国科技投入现状的分析，针对我国科技投入机制中的问题，提出了两条解决途径：一是建立和完善国家科技创新体系；二是构建企业的新型研究基地。在对我国科技投入机制问题与对策分析的基础上，本文以2001～2005年某石油集团的99个科研项目为样本，用实证的方法研究科研成本预决算管理制度。根据统计结果分析了科研成本预决算管理机制中存在的预算效用弱化和预算松弛问题，提出了四条完善科研经费预决算管理制度的途径。 同时，由于科技开发具有创造性和不确定性，科研成本控制一直是个难点。本文运用实证研究方法，以2005年石油管材类的23个科研项目为样本，讨论研发项目的主要成本动因，并进行回归分析和假设检验，建立了科研成本与人工活动量的动因模型。将作业动因研究方法引入到研发项目管理中来，扩展了作业成本法的应用领域。在对研发作业成本动因的选择进行研究的基础上，对科研成本的控制方法进行研究，提出相对比例标准控制方法，认为相对比例标准具有可行性和实用性。并且提出了利用相对比例标准进行科研成本控制的思路。