目的:比较二代基因测序技术（Metagenomic next generation sequencing,m NGS）与传统检测病原体方法的区别,讨论在儿童感染性疾病中m NGS的应用。方法:选取2019年6月1日至2020年12月31日在乌鲁木齐市某三甲医院PICU住院治疗期间出现不明原因发热的患儿75例,分别对疑似感染部位取样并进行病原体的传统检测和送检m NGS检测病原体,然后对2种检测方法的诊断效果进行总结并分析。最后根据两种检测方法的结果筛选出感染组58例（任意检测结果为阳性就划分为感染组）,收集感染组58例患者的基本临床信息,再依据m NGS是否检出病原体将58例样本分为检出组（47例）和未检出组（11例）,测定外周血及炎症指标。分析患儿在感染性疾病中检出病原体与严重程度等相关性的分析。结果:（1）纳入的75例样本中,m NGS的灵敏度显著高于培养法（x2=19.053,P<0.01）。m NGS的特异度与培养法差异无统计学意义（x2=4.167,P=0.041）。未检出组要高出检出组的住院天数（t=4.227,P<0.05）。样本中58例（77.33%）为感染组,其余的17例（22.67%）为非感染组。感染组样本中,肺泡灌洗液占比最多（27/58）,其次为血液（20/58）,最后是脑脊液（11/58）。单因素分析得出初步结论认为检出组中患儿外周血计数及炎症指标显著高出未检出组的指标（t值分别为-8.84、-4.724、-4.335、-4.335,P值均<0.05）。（2）m NGS的阳性检出率对儿童人类疱疹病毒的检出率要高于血液抗体检测（P<0.05）。（3）本院数据资料中,检测出前三位的病原体分别是人类疱疹病毒（18.75%）最高,检出率第二位的病原体是肺炎支原体（15.63%）,第三位病原体是流感嗜血杆菌（12.50%）。在2例患有基础病并且病情较为严重的患儿身上检测出合并真菌感染,在1例反复发作的肺脓肿患儿病例肺泡灌洗液中检出厌氧菌感染,同时也检出结核分枝杆菌复合群在怀疑结核性脑病病例的脑脊液中。（4）数据病例资料中,肺泡灌洗液最常见的阳性检出病原体是肺炎支原体（7例）及肺炎链球菌（4例）人类疱疹病毒是脑脊液和全血标本中最常见的病原体（分别为5例和6例）。（5）诊断细菌、病毒、非典型病原体,混合感染的时候m NGS阳性检出率明显大于传统检测方法的诊出率。但是对于真菌感染检测中,m NGS的阳性率虽然高于传统方法,但差异不明显。（6）革兰阴性菌在细菌感染中多见,病原体以流感嗜血杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯杆菌、鲍曼不动杆菌为主。病毒感染的主要病原体为人类疱疹病毒,最常见的分别为人疱疹病毒1型（单纯疱疹病毒1型）、4型（EB病毒）和5型（巨细胞病毒）。真菌感染以肺孢子虫多见。结论:（1）m NGS对于感染性疾病的诊断阳性检出率总体优于传统方法,在病毒、非典型病原体及混合感染的诊断中更显著。并且因传统检测方法较为局限,m NGS可以为某些病原体不明感染或临床疑似病例提供诊断依据,虽然诊断感染性疾病的金标准还是传统检测,m NGS还无法完全取代,但可辅助于实验室检查作为病原学检测的有效补充,联合使用可提高感染性疾病病原体的检出率,以达到快速治疗,精准用药的目的。（2）对于人类疱疹病毒等儿科中不典型病原体和混合感染,m NGS技术提高了对它们的检出率。