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猪繁殖呼吸综合征PRRS(Porcine reproductive and respiratory syndrome,又称猪蓝耳病)是由PRRSV感染造成的,目前在世界范围内广泛流传,主要导致母猪的繁殖能力差,抵抗能力弱,继发疾病率和高死亡率较高,是现代养殖业重点预防的疾病,以避免给养猪业带来的灾难性损失,同时维护畜产品安全和环境卫生。为及时、有效地了解地域性PRRS病的感染和流行情况,ELISA检测抗体的方法和RT-PCR检测抗原的方法在生产实践和实验室得到了最经常的使用,以及从分子生物学层面分析高致病性PRRSV的遗传变异情况,为下一步科学的防控该病提供理论依据。本论文通过ELISA方法检测2013、2014年绵阳9个地区1404份血清进行了猪蓝耳病ELSA抗体检测,免疫PRRSV疫苗后血清的抗体平均阳性率为80.8%(达到了农业部的基本要求70%以上),未免疫猪蓝耳疫苗的血清抗体阳性率为14.3%。从不同采样群体来看,规模养殖场(91.8%)>散养户(81.7%)>屠宰场(70.5%)；2014年的抗体平均合格率较2013年平均合格率有所下降。还通过RT-PCR方法检测本实验中被检测的绵阳地区部分疑似发病猪场共采集病料78份,检测结果平均阳性率从大到小为高致病性PRRSV(35.90%)>经典PRRSV(17.95%)>HP-PRRSV+PRRSV(11.65%);而该地区被检测的部分屠宰样品282份中,经典PRRSV的阳性率为2.84%,高致病性PRRSV阳性率为11.70%,无HP-PRRSV+PRRSV混合感染。HP-PRRSV依然是该地区猪蓝耳病感染率最高的毒株类型。经过抗原检测后的病料中筛选出69个毒株,然后对目的基因Nsp2、ORF5进行RT-PCR扩增、纯化、测序分析。49个Nsp2基因序列的核苷酸之间的同源性为90.2%～100%,推导氨基酸的同源性为73.7%～100%；与LV核苷酸同源性为49.7%～50.0%,推导氨基酸的同源性为31.1%～37.2%；与VR-2332、MLV核苷酸同源性为79.2%～82.6%,推导氨基酸的同源性为60.8%～75.0%；与国内2006年以前BJ-4、HB-1(sh)、HN1毒核苷酸的同源性为79.0%～95.1%,推导氨基酸的同源性为70.9%～92.6%；与国内2006年及以后分离的毒株JXA1、SY0608等核昔酸同源性为93.1%～98.6%,推导氨基酸的同源性为83.0%～98.5%。同时获得的20个ORF5之间核苷酸同源性为91.9%～100%,推导其氨基酸的同源性为88.0%～100%；与LV同源性为62.6%～65.8%,推导其氨基酸的同源性为56.6%～59.2%；与VR-2332同源性为88.2%～90.2%,推导其氨基酸的同源性为86.5%～89.0%；与2006年以前毒株HN1同源性为87.1%～90.2%,氨基酸的同源性为84.5%～90.0%；与2006年及以后毒株JXA1、SXHZ01同源性为95.2%～99.2%,氨基酸的同源性为89.0%～99.0%。预测GP5的N-糖基化位点以4～5个为主,其诱骗表位A处存在突变,而中和表位B较为保守,准种进化是野毒株(S137)；这些说明绵阳地区HP-PRRSV变异情况与国内其它流行毒株存在差异,发现了新的AA缺失区段和突变位点,同源性和构建进化树表明都属于美洲基因型且与JXA1在一个亚群中,与2006年及以后发现的毒株亲缘关系较近。