豇豆荚长主效QTLQpl.zaas-3精细定位与连锁CAPS标记开发

来源 :西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lishicun2000
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
豇豆(Vigna unguiculata L.Walp)原产非洲,是重要的一年生豆科植物。栽培豇豆主要分布在热带和亚热带地区,有长豇豆(V.unguiculata ssp.sesquipedialis)和普通豇豆(V.unguiculata ssp.unguiculata)两个主要亚种。长豇豆是我国重要的夏季蔬菜作物之一,全国除高寒地区外均有种植。嫩荚是长豇豆最主要的商品器官,荚长则是豆荚的关键农艺性状之一,不同豇豆品种的荚长变异范围非常大(10-120 cm)。荚长性状对长豇豆育种至关重要,但目前关于豇豆荚长的研究报道较少,尚无豇豆荚长基因被克隆的报道。在前期本实验室以我国长豇豆地方品种“ZN016”(荚长~31 cm)和商业品种“ZJ282”(~50cm)杂交构建的重组自交系(RIL)群体为材料,定位了豇豆LG3上的一个荚长主效QTL Qpl.zaas-3。本研究以上述亲本杂交构建的含2153个单株的F2大分离群体为材料,在豇豆60 k SNP芯片基础上基于基因组测序和亲本重测序结果开发新标记,利用基因型数据构建区域性饱和遗传图谱,精细定位Qpl.zaas-3,并根据定位得到与豇豆荚长紧密连锁的SNP标记开发易用于育种的CAPS标记,主要结果如下:1.统计分析表明:F2大群体荚长表型数据分布呈正态分布,群体荚长平均值为40.6cm,位于双亲荚长之间。F2群体荚长范围为24.6-62.3 cm,表现出明显的超亲分离。2.通过分析豇豆60k SNP芯片和对亲本基因组进行重测序,在QTL初定位区间开发了490个新SNP标记,其中433个SNP标记扩增良好。3.利用SNP标记构建区域性饱和遗传图谱,该图谱在约1.3 c M的Qpl.zaas-3区间内包含150个SNP标记,标记的平均间距仅0.00867 c M。4.利用遗传图谱和群体表型数据,将豇豆荚长主效QTL精细定位在LG3上~0.132c M的区间内,侧翼标记为2_25214和2_49346,能解释22.2373%的表型变异。经与Phytozome数据库中豇豆基因组序列进行比对,将其对应于一个大小为130 kb的物理区间,包含了7个预测的蛋白编码基因。5.分析2_49346侧翼序列,发现其包含1个Hpa II酶识别位点。并成功将2_49346SNP标记转化为CAPS标记CAPS2_49346。
其他文献
14-3-3蛋白是真核生物中许多信号转导级联反应的主要调节分子,能够以多种机制与靶蛋白相互作用,在各种不同细胞功能和生理过程中起调控作用。在许多物种中14-3-3蛋白家族已进行了深入的研究,而小麦中对该基因家族的研究较少。本研究对小麦14-3-3蛋白及其基因进行了鉴定和生物信息学分析,并对该家族基因在不同发育时期和组织以及非生物逆境胁迫下的表达谱进行了分析,取得如下结果:(1)小麦14-3-3蛋白
学位
甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)是糖酵解途径中的关键酶,作为GAPDH蛋白的胞质亚型,GAPC催化3-磷酸甘油醛氧化生成1,3-二磷酸甘油酸,但其在应答非生物胁迫中的作用研究的比较少。在本研究中我们使用RACE技术从小麦中克隆出TaGAPC1基因,并对其进行了基因结构分析和系统发育分析。通过构建TaGAPC1融合GFP报告基因的表达载体,使用基因枪法对TaGAPC1蛋白进行了亚细胞定位。通过实
学位
春油菜作为青海省的主要经济作物,在当地的农业生产中具有重要地位,也是青海省种植业中的支柱型产业之一。当前农户盲目、过量施肥、用药现象较为普遍,造成肥料利用率下降,农药残留等一系列环境问题。药肥是将肥料和农药按照一定的比例充分混合,并通过一定的加工工艺生产出来的一种农药与肥料的复合剂,具有平衡施肥、养分齐全,药和肥可以互作增效,操作简单等优点。本研究以青杂六号油菜为研究对象,在青海省互助土族自治县进
学位
叶片是高等植物和某些藻类进行光合作用的重要器官。叶色变化往往会影响植物的光合效率进而影响产量,因此叶色变异方面的研究受到不少科研工作者的高度重视。叶色突变体是研究叶色变异形成机制的理想材料,被广泛应用于植物光合作用、光形态建成、叶绿体结构功能与遗传发育调控机理等研究中。此外,叶色突变体也可作为标记性状用于辅助育种及杂一代种子的生产。本研究以一个新的黄瓜黄绿叶突变体C777及其野生型CCMC为材料,
学位
以苹果为主的果业为陕西省的六大经济支柱型产业之一,庞大的种植面积导致苹果产区内数量巨大的苹果修剪枝木。陕西省每年修剪的苹果树枝木干重总质量多达490万t,其中有近30%的果树枝木未经合理利用。为了有效的利用和开发苹果修剪枝木这种农林废弃物生物质资源,本文对生物质热解炭化原理、反应工艺条件以及现有的生物质热解炭化装置的缺陷和不足进行了深入研究之后,设计和开发了一种成本低、操作简单且易于陕西省果农推广
学位
“疯草(locoweed)”主要是指豆科黄芪属(Astragalus)和棘豆属(Oxytropis)有毒植物。目前,疯草已成为危害草原畜牧业发展的主要毒草,且广泛分布于世界各地。据统计,在美国和中国,每年的经济损失高达2000万~1亿美元,严重阻碍畜牧业的可持续发展。众所周知,疯草的主要毒性成分—苦马豆素(SW)是一种吲哚里西啶类生物碱,其结构与甘露糖高度相似,并且与甘露糖苷酶有极高亲和力,从而竞
学位
组蛋白的乙酰化修饰是一种普遍存在的表观遗传修饰,是由组蛋白乙酰基转移酶(HATs)和组蛋白去乙酰化酶(HDACs)可逆调节的。前期基因芯片结果表明,低温条件下,小麦返白系及对照品种矮变1号中HDACs、HATs、Sin3复合体和DNA甲基转移酶等基因的表达存在差异。田间观察发现,同一株小麦返白系的分蘖有白有绿、白化株保种后代也会出现白苗和绿苗的性状分离,推测环境因素导致的表观遗传现象会参与调控返白
学位
小麦条锈病是小麦上最严重的病害之一。其致病菌—小麦条锈菌是一类毒性变异频繁的活体专性寄生真菌。大量的研究表明,病菌通过分泌效应蛋白抑制寄主防卫反应促进其侵染及致病过程。目前,小麦条锈菌全基因组测序已经完成,大量的分泌蛋白被发现,然而,有关分泌蛋白在条锈菌侵染过程中的作用及其调控机理知之甚少。本研究基于课题组条锈菌吸器转录组测序基础上,筛选获得小麦条锈菌候选效应蛋白基因Ps3439,解析其在病菌侵染
学位
猪繁殖与呼吸综合征(porcine reproductive and respiratory syndrome,PRRS)由猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)引起,以仔猪呼吸系统疾病和妊娠母猪的繁殖障碍为特征,给世界各地的养猪业带来巨大损失。然而,PRRSV的具体致病机制和免疫机理尚不明确,因
学位
呋喃环作为一种重要的药效团存在于许多天然产物中,通过对呋喃环区域选择性的化学修饰有助于合成天然产物生物探针,进而开发新型杀虫剂。岑酮,黄柏酮和柠檬苦素是楝科和芸香科植物中的呋喃环类化合物,有杀虫、抑菌、消炎等活性,然而有关这三类化合物呋喃环多样性修饰的报道并不多。本研究针对这三类天然产物的呋喃环,通过溴代、Pd催化偶联和三元环化等反应进行衍生合成,并采用三龄粘虫进行系统的杀虫活性评价,期望获得新型
学位