宋金元时期，中医学取得了长足的发展与进步，基础理论研究取得重大突破，学术流派开始形成，伤寒学开始兴盛，辨证论治异军突起，临床医学飞速发展。在基础理论方面，解剖学飞速发展，《欧希范五脏图》与杨介《存真图》问世；对《内经》、《难经》、《伤寒论》进行阐发注释；阐发脏腑生理功能与病理变化；深入探讨外感热病、内伤杂病的病因病机、辨证论治法则，进一步充实完善经络学说；提出中药归经学说，重视药性、药理与方剂配伍规律研究；政府组织编纂、校勘出版基础理论、本草、方剂及综合性医著。临床方面，默守《伤寒论》成规，滥用《局方》的局面被打破，外感热病与内伤杂病有了新的治疗方法，临床疗效明显提高；内科常见病如风证、外感热病、内伤火热、消渴、郁证等，外科常见疾病如对痈疽、癌疾、乳痈、阴囊积水、化脓性皮肤病病症辨证论治水平有了较大提高；妇产科疾病以肝脾作为证治纲领；儿科学发展成为独立学科，形成较系统的理论体系，对麻、痘、惊、疳等病症有了较为深刻的认识，创立了一整套诊治惊风的基本大法；王惟一编纂《铜人腧穴针灸图经》并铸成针灸铜人腧穴模型，统一了经穴排列顺序，使经穴理论条理化、系统化、规范化，对灸法弊端的认识越来越深入，发明新的针刺手法，注重补泻，针灸并举用于临床各科；眼科、口齿、咽喉均独立成科；骨伤科与外科疮肿并列，辨证论治骨伤疾病，正骨以手法为主，开放创口治疗以冲洗及药物治疗为主，活血化瘀、养血舒筋和培元补肾(或称健脾补肝肾)治疗创伤三大原则得以确立。 宋金元时期，中医学发展创新因素主要有：统治者对中医学高度重视，鼓励并支持发展中医，提高医生与中医学地位，建立中医药管理机构，开办中医教育，编纂并校勘中医著作；科举制度与学而优则仕的盛行，加之少数民族的统治，文人知医、文仕通医与儒医大量涌现改变了医学队伍组成结构，提高了学术研究能力；活字印刷技术、指南针导航、造船等科学技术的进步以及农业经济发展、中外贸易与医药交流等使中医得以普及，并引进外国中药与制剂技术；良好宽松的学术争鸣氛围，知识分子言论自由的大好局面，“宋学”注重考据，怀疑批判精神，勇立新说的学风，以及理学、运气学说、道教、佛教的影响；战争频繁，社会动荡，疾病谱发生改变，疫病、外感热病、脾胃内伤、湿热病、阴虚精亏等增多；中医学发展的客观需要(基础理论发展严重滞后、临床缺乏有效治疗方法与新方剂)；著名医学家(如钱乙、陈自明、王惟一、陈无择、刘完素、张元素、李杲、张从正、王好古、罗天益、朱震亨、戴思恭、危亦林等)敢于疑古，努力实践，勇于创新的精神等；使其在继承总结前人经验的基础上，结合自己的临床实践，注重基础理论与临床并举，标新立异，争创新说，提出火热论，脾胃内伤学说，攻邪说，脏腑辨证说，药物归经说，阴证论，阳有余阴不足论与相火论，三因说等新理论、新观点。形成了以刘完素为代表研究外感火热为主的河间学派，以张元素为代表研究脏腑病机的易水学派，以李杲为代表研究脾胃内伤学说的补土派，以张从正为代表研究攻邪理论的攻邪派，以王好古为代表的温补派，以朱震亨为代表研究内伤火热的丹溪学派等学术流派等。宋金元医家的学术争鸣，开创了学术争鸣的新局面，促进了中医学的发展创新和繁荣。总之，政府的高度重视，医学家敢于疑古，勇于创新的探索精神，注重基础理论与临床并举的创新思路和研究方法等，对当代与今后中医学的发展具有重要的启示。