蛋白质序列信息分析不仅是蛋白质组学研究的重要内容,也是21世纪人类后基因组计划中非常重要的一项工作。为了探究蛋白质序列信息,本论文把握蛋白质形态的分形特征,基于序列水平,运用分形理论对蛋白质序列进行分形性质研究。为了探究蛋白质序列信息,本论文基于序列水平,运用分形理论对序列信息进行分形性质研究。首先实现了正交编码、五位编码、Profile编码和基于物化性质的归一化编码等四种序列编码方法的Dev C++程序设计和盒维数计算的Matlab程序设计,分析比较得到正交编码曲线的盒维数较其他3种方法大,更能细细致反映蛋白质序列的粗糙程度。其次,在Matlab环境下,运用分形插值理论对编码曲线进行模拟,并设计插值曲线的盒维数计算程序,求出分属于二级结构四种结构类型α、β、α+β、α/β各7组蛋白质的整体分维及局部分维,结论显示：二级结构的蛋白质分形维数介于1-2问,四类结构的整体分维从大到小依次为：α>α/β>α+β>β,平均局域(n≤15)分维也依次为：1.5022>1.3501>1.3287>1.1659,同样满足研究对象的构象特征。结果与前学者在相同问题中通过取蛋白质链的三维空间坐标值计算Haussdorff维数得到的二级结构分形特征相一致,证明了此思路的正确性和方法的可行性。最后,尝试对蛋白质序列进行多重分形分析,得到了蛋白质序列具有明显的多重分形性质的结论。结合参数组ln ε～-1n χq(ε)、lng～ln Dq以及α～f(a)图形,横向比较了a结构类型中分维较接近的3例蛋白质序列,直观判断出其多重分形特征之间的明显差异；纵向比较了四种结构类型的结构复杂程度,所得结论与第四章结果一致。本文为理论上研究蛋白质序列信息提供了简捷可行的思路和大量的算法依据。