完善的公司内部控制可以合理保证财务报表的可靠性，帮助公司有效的规避经营管理风险，降低运营成本，提高经济效益回报率。近年来，我国积极推进企业内部控制审计体制，这项业务的开展势必对资本市场和审计理论产生深远的影响，不仅推动我国公司内部控制审计体系的完善，也为理论研究创新提供空间和可能，而这也是本文研究的价值和意义所在。　　本文的研究内容主要分为五个部分。第一部分是绪论，主要阐述公司内部控制审计的研究背景、研究目的、研究方法与研究思路及框架。第二部分是相关理论研究，对内部控制审计的内涵与功能及分类做了陈述和界定，并且对已有的国内外理论研究文献做了述评。同时，阐述了企业内部控制与审计的关系。第三部分是案例S公司内部控制审计的案例分析。本部分是论文的主要内容，首先是介绍了S公司的相关信息，接着对S公司内部控制审计流程做了论述，然后是对S公司内部控制审计的测试结果进行评价，最后是对S公司内部控制审计的有效性进行了验证。第四部分是S公司内部控制审计存在的问题。在承接前文的基础上，具体分析了S公司内部控制审计面临问题，即:思想上对内部控制审计不够重视、行动上不积极配合注册会计师的工作、内部控制审计成本增加、内部控制审计方法落后，审计人才结构单一、公司管理人员内控意识、风险意识不够等问题。第五部分是对S公司内部控制审计提出的对策建议。基于上述存在的问题，探索性的提出了相应的建议。　　通过本文的研究分析，可以认识到内部控制审计具有明显的、不同于会计报表审计的特征，在现阶段积极实施内部控制审计是公司发展所要面临的一项现实选择。深入分析S公司内部控制审计的问题，针对五个典型性方面，有重点性的探究其针对性问题，然后研究实效性的对策建议，对于提高公司内部控制审计质量、提高被审计单位的财务安全系数，提高公司的经营效益具有重要作用。