YY1通过调节PCIF1促进胆管癌增殖的研究

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背景胆管癌是一种实体肿瘤,它由具有胆管细胞分化特征的不同上皮肿瘤组成的,根据解剖分为肝内胆管癌,肝门部胆管癌以及远端胆管癌。近几十年来,胆管癌的发病率呈上升趋势,目前手术治疗仍然是胆管癌最有效的治疗手段之一,但是由于该疾病发病隐匿,很多患者被发现时已经处于进展期,因此只有少部分患者(35%)能够接受手术。目前针对胆管癌的治疗,尚无明确的靶向药物能够显著提高患者预后,所以亟待研究出针对胆管癌更加有效的药物靶点,使得患者获益。YY1(Yin-Yang 1)是一种进化上保守的C2H2锌指蛋白,包含具有多种功能的多结构域核转录因子,根据癌蛋白E1A存在或缺失条件下,YY1分别充当着P5启动子激活或者抑制的角色。正因如此,YY1在不同癌种中所扮演的角色也是不尽相同的,虽然在很多实体肿瘤中被报道扮演着促癌作用,但在胆管癌中,目前作用尚不清楚。PCIF1(Phosphorylated CTD Interacting Factor 1)是众多RNA甲基化修饰之一m6Am的甲基化关键酶。PCIF1特异性甲基化修饰m RNA5’端帽子结构发挥作用,截止目前,关于PCIF1在实体肿瘤中作用的报道非常少,目前也没有研究其在胆管癌中扮演的角色。目的研究YY1在胆管癌(CCA)与正常组织间的表达差异;探究体内外实验条件下,YY1在胆管癌细胞中发挥的作用;阐明YY1影响胆管癌细胞恶性生物学表型的具体分子机制。方法利用GEPIA网站(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)对公共资源数据库(TCGA数据库)中YY1在人类各种肿瘤进行泛癌分析并且对胆管癌组织与正常组织YY1的表达量进行比较。利用Protein Atlas网站(https://www.proteinatlas.org/)对人类胆管癌组织与癌旁组织YY1的免疫组化结果进行分析比较。选取正常胆管细胞株HIBEC与4株胆管癌细胞株CCLP1、RBE、HCCC-9810、Hu CCT1提取其m RNA与蛋白质,行q RT-PCR以及蛋白印迹实验,验证胆管癌组织中YY1的m RNA与蛋白质的表达量高于正常组织。同时选取高表达YY1的细胞株CCLP1与RBE,构建YY1-si RNA瞬转敲低两株细胞株的YY1,再次利用q RT-PCR以及蛋白印迹实验验证敲低效率,并进行CCK-8,克隆形成,Migration以及划痕实验。同时,构建慢病毒稳转YY1敲低细胞株CCLP1行裸鼠皮下成瘤实验。提取慢病毒稳转YY1敲低细胞株CCLP1的m RNA行转录组测序并进行生物信息学分析。阅读文献查找胆管癌细胞株敲低YY1的Ch IP-seq数据,与RNA-seq结果取交集,探究YY1转录调控的靶基因。提取瞬转敲低YY1的细胞株CCLP1与RBE中m RNA与蛋白质,分别行q RT-PCR与蛋白印迹实验,验证PCIF1受YY1调控。利用JASPAR网站(http://jaspar.genereg.net/)预测YY1与PCIF1的结合位点。再次利用GEPIA网站(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)对公共资源数据库(TCGA数据库)中PCIF1在人类多种肿瘤进行泛癌分析并且比较胆管癌组织与正常组织PCIF1的表达量。利用Protein Atlas网站(https://www.proteinatlas.org/)对人类胆管癌组织与癌旁组织PCIF1的免疫组化结果进行分析比较。构建PCIF1-si RNA对两株细胞株CCLP1与RBE行瞬转PCIF1敲低,然后分别提取m RNA与蛋白质进行敲低效率验证,构建成功后行CCK-8试验,克隆形成实验以及Migration实验以进一步探索PCIF1在胆管癌中的作用。结果TCGA数据库结果分析显示,YY1在胆管癌等多种肿瘤中表达升高。胆管癌组织与正常组织m RNA表达水平分析结果以及组织免疫化学染色结果共同显示,胆管癌组织YY1水平明显高于正常组织。胆管癌细胞株CCLP1与RBE中YY1的表达量明显高于正常胆管细胞株HIBEC。细胞功能学实验结果表明,在体外实验条件下,敲低YY1后,胆管癌细胞的增殖能力,迁移能力明显受到抑制。同样,在体内实验中,裸鼠皮下成瘤实验结果表明,敲低YY1后,肿瘤细胞生长能力明显下降。RNA-seq结果显示,敲低YY1后CCLP1细胞株伴随改变的基因变化有5860个,其中下调的有2778个,上调的有3082个。将RNA-seq与筛选后CHIP-seq结果取交集,发现PCIF1可能是YY1直接结合并转录调控的靶向基因。瞬转敲低YY1胆管癌细胞株CCLP1与RBE的q RT-PCR与蛋白印迹实验结果显示,伴随YY1表达量下降,PCIF1的m RNA以及蛋白水平表达均下降。JASPAR预测结果显示,YY1与PCIF1可能存在4个结合位点,碱基序列可能为ACCATG。TCGA数据库结果分析表明,PCIF1在胆管癌等多种肿瘤中表达升高,Protein Atlas中免疫组化染色结果验证,胆管癌组织中PCIF1相较于正常胆管组织表达升高。体外实验结果显示,si-RNA瞬转敲低PCIF1后,胆管癌细胞株CCLP1与RBE的增殖能力与迁移能力明显减弱。结论1.YY1在胆管癌组织中的表达水平相较于正常组织显著上升。2.体外实验表明,YY1促进胆管癌细胞的增殖与迁移能力;裸鼠皮下成瘤实验显示,YY1促进胆管癌细胞的体内生长能力。3.PCIF1是YY1潜在下游靶点,YY1可能通过增强PCIF1的转录表达促进胆管癌发生发展。
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