原生动物个体微小，结构特化多样性高，在微食物网中占据十分重要的中央枢纽位置，进化历史久远地位特殊，在许多研究领域中具有很强的潜在价值。各学者不断引用分子手段研究其分类及进化，目前新待解决问题是分析现存有限分子信息与纤毛虫真实分类间差别，同时填补研究的空白。
　　寡膜纲纤毛虫研究历史悠久并分布广泛，其中盾纤亚纲、咽膜亚纲和膜口亚纲是三个纤毛虫主要研究类群，目前所涉及的淡水种研究数据仍有待补充。过去三年在国家自然科学基金重点项目等课题基金资助下，以松花江流域哈尔滨段为整体研究范围，不断补充系统地位长期混乱的国内高纬度地区3个亚纲，4个目，8个科，7个属18个种41个序列(9SSU-rDNA，14ITS1-5.8S-ITS2，12LSU-rDNA和4Cox1)，并提交至国际基因数据库GenBank，围绕这三个重要类群中关系混乱的种群展开系统进化学分析探讨，厘清涉猎重要类群及更高阶元的亲缘关系和系统地位，为相关类群的相关研究提供相应数据。基于多基因信息对盾纤亚纲、咽膜亚纲和膜口亚纲中部分系统关系和地位做出以下调整和确认：
　　盾纤亚纲：1)盾纤亚纲、嗜污目、帆口目、斜头科、嗜污科均为多源发生；分子数据显示触毛科粘液虫属与帆口目关系很近，仍旧将斜头科放在嗜污目中；2)帆口目中的膜袋类群与嗜污目和触毛目关系密切，且为非单源发生；3)嗜污科中的Philasteridesdicentrarchi再次与贪食迈阿密虫在所有树中以满分置信值聚在一起，推测可能这个序列的物种信息有误。4)尾丝虫属总与偏尾丝虫，拟尾丝虫，甚至与膜袋类群聚在一起，推测该属为多源发生。
　　咽膜亚纲：1)咽膜亚纲和草履虫科单源发生，前口虫属仍旧多源发生；2)传统分类学上尾缨虫系统地位一直是科级阶元；多基因数据支持将其提升为与咽膜目并列的尾缨目，尾缨目与咽膜目均是咽膜亚纲下的分类单元且互为姐妹支，这与Lynn(2008)中的分类情况保持一致；3)前口虫属多基因系统发育分析情况与形态学数据间存在明显冲突，目前急需扩大采样范围、重新描述和定义物种，同时我们建议将前口虫类群3(Frontoniadidieri，F.ocularis，F.anatolica，F.pusilla和F.elegans)界定为咽膜亚纲的居间未定种；4)多基因数据为草履虫科五个亚属的建立初步提供证据；Parameciumbuetschli放置在Chloroparamecium亚属中，而P.chlorelligerum放置在Viridoparamecium亚属中。
　　膜口亚纲：四膜目为多源发生。
　　因此，本研究补充寡膜纲重要纤毛虫淡水物种的核糖体小亚基基因和转录间隔区及5.8s基因等多基因信息，厘清纲内物种亲缘关系和系统地位并建立新的阶元。以上研究为分类学的精细化提供数据和假设，为国内外相关研究提供了证据。