手足口病是由人肠道病毒引起的传染病,主要感染5岁以下的儿童。近年来,我国的手足口病成为一个严重的公共卫生问题,每年有超过百万的病例。以前的研究显示,EV-A71与CV-A16是引起手足口病的主要病原体,然而近年来的研究发现其它型的肠道病毒引起的手足口病例在逐渐增多。温州市是手足口病流行较严重的地区,然而有关人肠道病毒的分子流行病学以及相关症状的研究较少。啮齿动物可以携带多种病毒,目前的研究结果表明,它们携带的病毒不仅种类多,并且在病毒的起源与进化过程中起着重要的作用。同时,它们携带的多种病毒与人类疾病密切相关。小RNA病毒中的多种病毒可以感染人,而我国对其在啮齿动物中的流行情况以及遗传多样性的研究较少。因此,进一步发现啮齿动物中的小RNA病毒,不仅可以了解其遗传进化规律,同时也为预防新发传染病提供理论基础与早期诊断技术支持。本研究采集了2013年温州市的温州医科大学附属第二医院/育英儿童医院临床诊断为手足口病患者的粪便与脑脊液标本。提取标本中的RNA,用RT-PCR检测人肠道病毒的特异性RNA。选取每一型中的部分阳性标本扩增其全基因组,随后进行系统发生分析与重组分析。在采集到的955份样品中,RT-PCR检测发现755份为人肠道病毒阳性,包括人肠道病毒A与B两个种14个型。在14个型的人肠道病毒中,CV-A6为优势流行株,占比为77.8%,其次为EV-A71(8.2%)与CV-A10(8.1%)。系统发生分析表明这些病毒是经过多次独立的事件传播到温州的。此外,温州市流行的人肠道病毒的基因组均发生了重组,大部分毒株有两个重组位点,部分毒株有3个重组位点。与EV-A71引起的症状相比,CV-A6引起的症状较轻,CV-A6引起非典型的手足口病,表现为皮疹更大,出现了许多水泡,数量也更多,分布的身体部位也更广,并且伴有脱皮与脱甲症。同时,引起重症病例的病原体仍是EV-A71,但是CV-A6也可引起重症病例。本文的研究结果提示迫切需要加强CV-A6的病原学和分子流行病学的研究,以应对其在世界范围内的大规模流行。在本研究中,啮齿目动物采自浙江省的龙泉市、文成县、龙湾区与瑞安市4个地区。采集到的动物经形态学鉴定后在无菌条件下解剖,取其与直肠。从肺组织中提取DNA,扩增线粒体细胞色素b (mitochondrial cytochrome b, mt-cytb)基因用分子生物学方法对动物种类进行进一步的鉴定。从直肠的粪便中提取总RNA用于小RNA病毒的检测。根据基因组的5’NCR设计简并引物,用RT-PCR检测小RNA病毒的RNA。序列分析表明啮齿动物中检测到的病毒为小RNA病毒。然后用基因组步移法扩增其全基因组,用RACE与RNA环化的方法扩增其基因组的5’与3’末端。系统发生分析与同源性分析表明,本研究发现的小RNA病毒属于心病毒。此外,不同的心病毒可以共感染同一个个体。毒株Ruian-Rn93-1、Longquan-Aa3-1、Ruian-Rn93-3的多聚蛋白、P1以及2C+3CD蛋白与心病毒B的同源性分别为71.9%～85.4%、65.2%-89.8%与78.3%-95.4%,属于心病毒B；毒株Wencheng-Rn416的多聚蛋白、P1以及2C+3CD蛋白与Boone心病毒的同源性分别为92.5%、85.3%与96.9%,属于心病毒C。本研究的结果表明心病毒B与C在浙江省共流行。因此,需要进一步的分子流行病学调查确定这些心病毒发生跨种间传播而感染人。