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乳清蛋白是多种活性蛋白和生物活性肽的良好来源,且具备多种生物学功能。它是生产干酪的副产物,干酪的生产工艺包括酶凝乳干酪、酸干酪、新鲜干酪,不同的生产工艺条件下,干酪乳清中乳清蛋白组成和含量差异较大。本文以酸凝乳干酪乳清蛋白(EC-WP)、酶凝乳干酪乳清蛋白(AC-WP)和新鲜干酪乳清蛋白(FC-WP)3种不同工艺生产的乳清蛋白为原料,采用无标记半定量方法(label-free)技术对其肽谱和蛋白组进行研究,并对生物活性肽和功能性蛋白进行生物信息学分析。采用label-free质谱鉴定技术对3种乳清蛋白的肽谱和蛋白质组进行了研究。共鉴定出了163种肽,其中,3种乳清蛋白含有相同肽104种,特异性肽有59种,酶凝乳干酪乳清蛋白中肽的种类最多,酸凝乳干酪乳清蛋白中肽的含量最高。共鉴定出219种蛋白,3种乳清蛋白样品含有相同蛋白166种,特异性蛋白有53种,酶凝乳干酪乳清蛋白中蛋白质的种类最多。GO功能分析表明分别有23.29%和13.70%的乳清蛋白参与转运过程和代谢调节。聚类分析结果将3种乳清蛋白分为4类,每一类蛋白分别含有54、36、56和70种乳清蛋白。KEGG代谢通路分析结果表明有3.48%的差异蛋白参与了吞噬小体通路,3.48%的差异蛋白参与了补体和凝血级联反应;有些差异蛋白参与了PPAR信号通路、PI3K-AKT信号通路、唾液分泌、核苷酸结合寡聚化结构域样受体信号传导途径和紧密连接等通路,均占总差异蛋白的2.48%。利用BIOPEP数据库对鉴定出的肽进行生物活性查询,鉴定出14种生物活性肽,主要表现为抗菌活性、ACE抑制活性、矿物结合、阿片拮抗、抗癌和抗氧化活性等。选取锌-α-2-糖蛋白和血管生成素进行生物信息学分析。锌-α-2-糖蛋白的二级结构包括α-螺旋、无规则卷曲和延伸链,三级结构整体呈倒“L”型。锌-α-2-糖蛋白含有两个功能结构域MHC I和Ig C_MHCI_alpha3,分别位于锌-α-2-糖蛋白的23~198、202~293位氨基酸。血管生成素-1的二级结构由α-螺旋、无规则卷曲和延伸链组成,血管生成素-2的二级结构由无规则卷曲和延伸链组成。血管生成素-1和血管生成素-2两种蛋白具有相似的三级结构。两种蛋白具有相同的功能结构域RNAse,分别位于血管生成素-1的26~143位氨基酸,血管生成素-2蛋白的1~118位氨基酸。