多区域测序揭示TP53驱动非小细胞肺癌患者体细胞突变的肿瘤内异质性

来源 :上海交通大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:LeoPark
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肺癌迄今为止仍然是世界范围内最常见并且是致死率最高的癌症[1]。其中非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)是肺癌中最常见的类型(比例大于80%)[2]。大多数NSCLC患者在经过初始治疗后,会发生复发,转移及耐药。目前的观点认为是肿瘤内异质性导致的[3]。为了证实NSCLC中存在克隆异质性,我们选择具有TP53这一公认致病基因突变的NSCLC患者进行了肿瘤内异质性的研究。我们选择了12例具有TP53突变的病人,对其进行全基因组或全外显子组的测序,通过生物信息学分析,共得到了223个显著性突变的基因。对12例病人的肿瘤组织我们进行显微切割得到61个切割部位,对223个基因的位点在61个切割组织中进行多重PCR扩增,并使用二代测序仪测序。对同一位点在一个病人的不同切割部位的VAF(variant allele frequency)进行分析后,通过进化树和分层集簇分析,我们发现在非小细胞肺癌病人中普遍存在肿瘤内异质性。并且我们发现,TP53这一公认的NSCLC的致病基因并非存在于每一个切割部位,证明TP53并不是一个早发的分子事件。另外,我们的研究发现很多突变的VAF大于75%,提示为纯合突变。为了探究纯合突变发生的原因,我们挑选了两个已知抑癌基因TP53,CDKN2A,在一例病人中进行杂合性缺失(LOH,loss of heterozygosity)的验证,结果发现同一病人不同部位的肿瘤细胞的杂合性缺失在存在差异,并且我们发现等位基因的缺失发生在突变之前,这一结果为“二次打击”学说[4]提供了有力的证据。
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