随着移动测图技术的快速发展和应用领域的拓宽，船载移动测图系统的研究与应用成为测绘技术的一个研究热点。而捷联惯导系统作为移动测图系统定位定姿的基础设备，涉及到一个关键问题就是初始值的确定问题，初始对准是解决初值问题的一个重要技术手段。本文结合捷联惯导系统的特点，针对捷联惯导系统在船载移动测量系统等晃动环境中的应用问题，对捷联惯导系统的自主初始对准进行了相关研究，需要说明的是，由于捷联惯导在实际工作中，静止状态很难保证，将其归结为微幅晃动的初始对准。论文主要进行了以下几个方面的工作:　　1.就捷联惯导系统微幅晃动粗对准算法进行了深入的研究，给出了相应的失准角误差方程，在此基础上研究了基于惯性系的大幅晃动基座的粗对准算法，并推导分析了误差来源。　　2.对船载系统系泊环境的频域特性进行了分析，研究了小波去噪的基础理论，对小波分析在惯性系下的粗对准进行初步探索，用以减小摇摆等干扰因素的影响，提高粗对准的精度，实验分析证明可以为精对准提供一个可靠的初值。　　3.对离散系统和连续系统的卡尔曼滤波进行了研究，构建了微幅晃动状态和大幅晃动状态下自主对准滤波的状态空间模型和量测模型，并进行了相关的实验分析。