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亲和标签被广泛的应用到重组蛋白的分离纯化,但后续需要花费额外的时间和增加新的步骤来去除,这极大地限制了其在工业规模的应用。内含肽介导的蛋白纯化系统在高效纯化目标蛋白的同时可以避免亲和标签的使用,近年来得到了广泛的研究。本文以Npu Dna E天然断裂内含肽为研究对象,利用其N端片段（IN）和C端片段（IC）的特异性识别以及高效的蛋白剪接能力,设计了一种蛋白纯化系统,主要进行以下几个方面的研究:（1）为了使IN亲和配基片段定向的偶联到环氧活化的琼脂糖凝胶介质上,利用基因定点突变的方法将IN片段中的所有Cys进行突变并在IN的C末端添加用于纯化的组氨酸标签和用于偶联到层析介质上的Cys。为了研究IN亲和层析介质的性能,在IC-GFP片段上引入N137A和C+1A突变,抑制了内含肽的剪切活性。本文成功构建了IN亲和配基片段重组菌株E.coli BL21（DE3）/p ET-21b-IN和IC融合蛋白片段重组菌株E.coli BL21（DE3）/p ET-28a-IC-GFP-M。对重组菌进行蛋白表达和亲和纯化,成功获得了纯度为80%以上的目标蛋白。（2）为了研究不同条件下的IN和IC-GFP片段的断裂活性,本文对影响IN和IC-GFP片段C端断裂的因素,温度、p H、DTT浓度以及Zn2+浓度进行了优化,确定了最佳断裂条件。突变之后的IN片段几乎无法形成分子内二硫键,在无DTT添加的情况下可以达到快速断裂效果。（3）为了提高IN亲和层析介质的配基密度,研究了不同IN片段浓度与配基密度的关系,确定了最佳IN片段浓度。本文对IN亲和层析介质的静态吸附和动态吸附条件进行考察。静态吸附结果表明,在p H 7.0的条件下,介质的饱和吸附量达到最大,而在p H 6.0的条件下介质的吸附量较低。利用10%蛋白穿透曲线来测定IN亲和层析介质的动态载量,实验结果表明,在p H 7.0的条件下,IN层析介质的动态载量为9 mg·m L-1介质。利用6 mol·L-1盐酸胍进行介质再生后,5次重复使用情况下,介质的动态载量维持在90%以上。（4）为了研究IN亲和层析介质在分离纯化中的应用,以绿色荧光蛋白（GFP）为模型蛋白来考察其纯化效果。使用1 m L的预装柱,采用?KTA purifier层析系统进行蛋白纯化。在1 m L·min-1的上样流速下,目标蛋白的回收率和和纯化倍数分别为39%和12.1倍,蛋白纯度达到97%。IN亲和层析介质具有良好的稳定性和巨大的应用价值。