日本七鳃鳗IκB基因CDS区克隆,信息学分析及LPS作用后表达差异

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核因子NF-κB是细胞内重要的转录因子,其普遍存在于真核细胞中,它参与细胞的增殖分化,但是其过度活化将会引起免疫、炎症反应,并与肿瘤发生、发展、转移侵袭密切相关。一般情况下,NF-κB会与其特异的结合蛋白IκB以三聚体的形式存在于细胞质中,此时的NF-κB3是不具转录活性的。只有当IKK激酶磷酸化IκB并最终使之降解后,NF-κB被激活,进入核内,启动目的基因的转录。因此,IκB磷酸化与否对调节NF-κB活性起着至关重要的作用。目前对于NF-κB与IκB的在哺乳动物中的功能作用及作用机制研究的非常深入,它们参与多条信号转导通路。但是,在低等动物中的研究尚存在着空白。   日本七鳃鳗(Lampetra japonica)是现存脊椎动物中最为低等的物种,并且是无脊椎动物和脊椎动物的过渡物种。因此,研究七鳃鳗中NF-κB和IκB功能与有助于更进一步的了解它们的作用机制及分子进化,而且对于研究七鳃鳗中的信号转导通路非常关键。   本文从日本七鳃鳗白细胞cDNA文库中发现两条IκB的EST序列,自行设计引物,通过3’RACE和5’RACE实验得到七鳃鳗IκB CDS区和mRNA序列,将其命名为Lj-IκB(Lampetra japonica IκB)。并且通过NF-κB保守区设计简并引物,PCR反应得到一段基因序列,通过与其他物种的NF-κB保守区比对发现他们具有十分高的同源性,有待于进一步的克隆以得到基因的CDS区全长。   生物信息学分析了Lj-IκB理化性质,结构特征等,并发现了其具有IκB家族特有的锚蛋白重复序列。把Lj-κB与13个物种的IκB进行氨基酸序列的比对显示这14个物种具有较高的同源性。我们还用探针实时定量PCR方法检测了用LPS刺激健康日本七鳃鳗前后各个组织器官中的IκB基因表达差异,结果显示其在各个组织器官中都稳定表达。在LPS刺激后心脏、肾脏、肠、肌肉中的表达量下调,而白细胞、肝脏和鳃中的表达量上调,分析表明白细胞、肝脏和鳃与生物的固有免疫作用相关。
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