近年来,受新冠疫情、房地产市场萎靡、经济形势下行和更大规模的降税减费政策影响,全国各地经济“紧平衡”状态明显,“稳”增长的压力增大。重庆市S区的财政收支矛盾日益严重,财力日益紧张,正大力优化支出结构,保障重点支出,严控一般性支出。在财政预算资金有限的情况下,S区卫健委需要通过履行职能职责,高质量地实现医疗卫生领域战略规划,优化对辖区内医疗卫生机构资金配置结构,提高资金配置效益具有紧迫性,对卫健委对辖区内医疗机构资金配置问题研究具有一定的现实意义。S区卫健委对辖区内医疗机构资金配置主要依靠预算管理完成,通过年初预算“一上”审核实现第一次资金配置,通过预算调整实现第二次资金配置,通过预算考核和绩效评价对资金配置的成效进行评估,并将结果作为下一年资金配置的一个参考因素。本文通过S区卫健委对辖区内医疗卫生机构资金配置的三个关键环节--以“基本公共卫生服务专项资金”和“两核一补”为例的案例分析法对重庆市S区卫健委对辖区内医疗机构资金配置预算管理现状及问题进行研究。通过分析S区卫健委对辖区内医疗机构资金配置的起点和三个关键环节,指出了重庆市S区卫健委对辖区内医疗机构资金配置存在资金配置结构不平衡,资金配置调整不到位,资金配置绩效运用不足,资金配置过程监管不严的问题。造成上述问题的原因主要是因为部分领域投入不足,资金整合机制不健全,调整分配量大且专业性强,高质量人才短缺,绩效结果运用不足,信息化机制范围有限等。提出了S区卫健委对辖区医疗机构资金配置需要在预算环节进一步优化资金结构,在调整预算环节进一步提高分配质量,在绩效考核环节进一步提高分配效益,强化信息化机制,实现资金过程动态化监管的总体改进策略。另,结合S区卫健委现行资金配置情况和战略发展需要,建议S区卫健委参照平衡计分卡在基本公共卫生服务资金的配置的具体改进路径,通过指标设计和权重设计实现上述总体改进策略。最后,本文对S区卫健委对辖区内医疗机构资金配置的预算管理问题研究进行总结与展望。