斑点叉尾鮰巨噬细胞移动抑制因子(MIF)基因序列克隆及多态性分析

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斑点叉尾鮰是一种重要的鲶形目、鮰科鱼类,自1984年湖北省水科所从美国引进以来,现作为重要的养殖对象在全国20多个省市、自治区进行养殖。但是由于养殖技术以及病原生物感染等原因,使得斑点叉尾鮰养殖业出现了产量下降的问题,造成了严重的经济损失。对斑点叉尾鮰免疫基因的研究能够有效控制病害的发生。经过多年的研究证实,巨噬细胞移动抑制因子(MIF)是一种重要的免疫因子,对急性和慢性炎症、自身免疫性疾病、细胞的增殖和肿瘤血管的形成过程具有重要的调节作用。根据斑点叉尾鮰MIF基因的EST序列,应用RACE技术克隆得到了MIF基因3′UTR序列,运用基因步移(Genome Walking)技术克隆得到了MIF基因启动子序列,通过特异性PCR克隆得到MIF内含子序列。将这些序列进行拼接得到了MIF基因组序列。经分析斑点叉尾鮰MIF基因组序列长度为3918bp,其中编码区序列348bp,共编码115个氨基酸,5′UTR是70bp,3′UTR是434bp,包含长度分别为243bp和1441bp的两个内含子,还有1382bp的启动子序列。实验通过对斑点叉尾鮰基因组序列的分析,发现了4个重复的单元序列。并对30尾斑点叉尾鮰个体MIF基因组序列进行了多态性的分析。结果显示,斑点叉尾鮰MIF基因序列包含有60个单核苷酸多态性位点(SNP),其中有29个位于启动子区域,1个位于5′UTR,7个位于3′UTR,1个位于外显子,22个位于内含子区域。其中在启动子上的SNP中,共有6个位于转录因子结合位点上。实验利用荧光定量PCR技术研究了MIF基因在斑点叉尾鮰六个组织中的分布情况,结果表明,肠中MIF的表达量最高,而肌肉中的表达量最低,其在头肾、肝和脑的表达量显著低于鳃、脾。本研究为斑点叉尾鮰MIF基因组序列研究提供更多的分子生物学资料,并为更深入研究基因启动子序列多态性与疾病的关系提供了重要的线索。
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