2型糖尿病患者与健康人黄厚腻苔的宏基因组学分析

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研究目的:望诊是中医诊断的主要内容之、舌诊又是望诊的重要组成部分。然而目前对于舌诊的生物学基础尚不明确,临床医师对于舌苔与舌象的判断多依据个人经验而易造成歧义,因此舌苔的标准化研究有利于促进中医诊断的科学化和现代化。糖尿病是发病率较高的慢性代谢性疾病,前期研究发现黄厚腻苔是2型糖尿病人群中常见的一种舌象。本研究试图基于宏基因组学技术通过分析2型糖尿病患黄厚腻苔微生物的组成特征,并与健康人的黄厚腻苔进行对照分析,探讨2型糖以病患者黄厚腻苔的生物学基础,为临床诊断提供科学依据。研究方法:于中国中探科学院广安门医院及新街口社区招募舌苔为黄厚腻苔的2型糖尿病及健康人受试者共15名,其中2型糖尿病患者7名,健康人8名。受试者晨起空腹时漱口后30分钟采集;苔并使用便携式舌诊仪留存舌苔照片。运用宏基因组测序分析检测2型糖尿病患科及健康人黄厚腻苔的所有DNA,并进行文库构建。对原始测序数据进行优化处理,将优化好的序列进行拼接组装,并使用METAProdigal软件进行基因预测。使用DIAMOND软件将基因集与NCBI的NR数据库进行比对,选取相似性最高的序列信息作为该序列的物种信息,在门、纲、目、科、属、种分类学水平上进行物种注释和相对丰度统计。使用BLASTP软件将基因集与ARDB数据库、KEGG数据库进行比对,进行功能信息注释和相对基因丰度统计。利用Hmmscan软件将基因集与CAZy数据库进行比对,进行碳水化合物活性酶注释信息,并对相应的基因丰度进行统计。研究结果:1.2型糖尿病患者与健康人黄厚腻苔微生物的丰度及物种多样性整体上无显著性差异;2.细菌的结果:门水平上,Firmicutes在两组的丰度最高,2型糖尿病组中Cyanobacteria 的丰度低于健康组的丰度;纲水平上,Actionobacteria 和Bacteroidia在两组的丰度最高,2型糖尿病组Acidobacteriia的丰度较健康组高:目水平上,Bacteroidales、Lactobacillales、Neisseriales、Actinomycetales 和 Veillonellales 在两组中的丰度最高,Chroococcales和Frankiales两种纲在2型糖尿病组的丰度比健康组低;科水平上,Prevotellaceae、Streptococcaceae、Neisseriaceae、Actinomycetaceae、Veillonellaceae和Micrococcaceae在两组的丰度最高,两组间具有显著性差异的科一共有9种;属水平上,Prevotella、Streptococcus、Neisserio、Actinomyces和Veillonella在两组中丰度最高,具有显著性差异的属共 34 种;种水平上,Rothia mucilaginosa、Prevotella melaninogenica、Actinomyces sp.ICM47、Fusobacterium periodonticum、Prevotella histicola、Neisseria flavescens和Veillonella dispar在两组中的丰度最高,在两组间中具有显著性差异的种共546种;3.古细菌的结果:构成两组古细菌的门主要为Euryarchaeota,2型糖尿病组Thaumarchaeota的丰度明显较健康组低;4.真核生物结果:构成舌苔的主要原核生物是人类的细胞,除此之外还有一些寄生于人体的原核生物;5.病毒结果:人内源性逆转录病毒是舌苔上的主要病毒;6.2型糖尿病患者相较于健康人具有更高水平的抗药性基因表达、碳水化合物酶基因和功能聚类基因表达。研究结论:2型糖尿病患者与健康人黄厚腻苔微生物的丰度及物种多样性无显著性差异,但在不同水平上存在具有差异性的物种,其中,Actinobacteria、Leptotrichiaceae、Leptotrichia或是2型糖尿病可能的细菌生物标识。更高水平抗药性基因、碳水化合物基因及功能聚类基因的表达或许是2型糖尿患者区别健康人可能的特征。
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