农村资金投入一直以来被认为是促进农村经济发展与农民收入提高的有效手段,刘易斯提出的二元经济理论以及舒尔茨倡导的农村发展模式都将资金投入作为发展的核心要素,近年来我国加大了对农村地区的资金投入,但对农民收入增长的效果则显得差强人意,在某一程度上,甚至扩大了农民收入的区域差异。为了探析农村资金配置效率与农民收入区域差异,首先,本文以农村资金投入促进农村经济增长为假设前提,选取1999-2009年30个省市自治区的数据,以人均财政支农支出、人均农村信贷投资、人均农户固定资产投资以及人均农村教育投入为投入指标,以第一产业增加值、农民年人均纯收入以及城镇化率为产出指标,采用数据包络分析法(DEA),以规模报酬不变的C2R模型、规模报酬可变的BC2模型来研究农村资金配置的技术效率、纯技术效率以及规模效率。然后,为了更加直观表现农村资金配置效率对农民收入的区域差异的影响,在投入指标不变的情况下,调整家庭经营性收入、工资性收入以及财产与转移支付收入为产出指标,人均第一产业增加值、城镇化率、城乡二元结构、地区经济开放程度为环境变量,排除环境变量与随机干扰项,利用DEA三阶段法分析农民收入区域差异与农村资金配置效率的关系。最后,为了找出影响东中部地区农村资金配置效率差异的原因,根据相关理论研究与实际情况,以农村基础设施、城乡二元结构、农村人力资本水平、农村金融发展水平以及地区经济发展水平为自变量,以技术效率值为因变量,将1999-2009年30个省市自治区划分为东中西三大区域,借助tobit模型对影响区域农村资金配置效率的因素进行分析。全文主要得出以下结论：一、东中西部农村资金配置效率存在着显著的差异,东部地区农村的资金配置的技术效率与纯技术效率水平较高,中部地区由于产业结构调整,投入与产出比适当,纯技术效率水平显著提升,而西部地区的资金配置效率的技术效率与纯技术效率双重低下,导致农民收入水平上远远落后东中部地区。东部地区农村资金配置普遍处于规模报酬递减的阶段,农村产业转型与升级迫在眉睫,中西部地区普遍处于规模报酬递增的阶段,加大资金投入力度效果颇佳。二、东中部地区农村资金投入对农民收入具有相对较高的效率,西部地区结果不显著。东中西部农村资金投入效率差异以及累计效应的影响,在一定程度上扩大了农民收入的区域差异,并且这种影响在西部地区反映得尤为突出。由于中部地区的资金配置效率水平显著上升,东中部的差距更多表现在资金投入总量上,而东西部地区的差距是受资金投入总量与资金效率双重影响。三、加大对农村基础设施建设的投入与提升地区经济发展水平有利于农村资金配置效率的提高,而城乡二元结构严重阻碍了农村资金配置效率的提高。东部地区农村金融的发展促进了农村资金配置效率的提高与农民收入的增加,而中西部地区农村金融的发展反而抑制了农村资金配置效率与农民收入。农村人力资本水平提高在回归结果中对农村资金配置与农民收入表现为无效率,可能由于短期效应不显著,或者在该指标赋值上存在偏差,出现与理论预期不一致的结果。四、提高农村资金配置效率与区域农民收入水平,关键在于：首先,增加对农村基础设施的投入,加快农村基础设施建设,特别是中西部地区农村基础设施相对落后,改善基础设施对农村资金配置效率与农民收入增长效果更为显著。其次,健全与完善农村金融市场,满足多层次的需求结构。根据东中西地区农村的不同需求结构,推进农村非正规金融与小额贷款机构的发展,拓展多渠道的融资方式,另外要加强农村金融监管。再次,加大农村教育投入,改善农村教育环境。虽然回归结果不显著,但人力资本的提升是支持农村经济发展与农民收入提高的持久动力。最后,改变城乡二元结构,统筹城乡发展,逐步消除户籍制度,实现劳动力自由流动,促进社会和谐发展。