背景:可变剪接是转录-转录后调控基因表达和功能的重要方式。基因的异常可变剪接与肾细胞癌（RCC）等多种恶性肿瘤的发生和进展有关。然而异常可变剪接在肾细胞癌等肿瘤中的具体临床意义和调控机制还有待进一步系统的研究。随着二代测序技术的普及,美国癌症基因图谱计划（The Cancer Genome Atlas,TCGA）在多个肿瘤组织中实施并开放了大量样本的多组学测序数据,包括转录组数据。近年来,随着大量可变剪接分析软件的开发,Splice Seq和Spl Adder两款软件先后被应用到TCGA转录组数据的可变剪接分析中,使得可变剪接联合多组学数据的研究成为探索肿瘤的发病机制和肿瘤异质性的一种重要方法。目的:在本研究中,我们将利用这些大样本的可变剪接数据,1)使用生物信息学分析方法,研究异常可变剪接在RCC中的临床意义和调控机制,并利用分子生物学实验进行验证;2)比较不同软件分析可变剪接数据的差异,并构建临床和病理特征相关的可变剪接数据库。方法:使用t分布随机近邻嵌入（t-distributed stochastic neighbor embedding,t-SNE）方法和可变剪接数据对RCC进行聚类分析及分子亚型分类,利用生物信息学和统计学方法系统研究不同剪接亚型中的剪接特征、临床病理特征、免疫特征、基因组变异、剪接因子异常以及分子通路的改变等。使用分子生物学实验和转录组测序,研究顺式作用元件和反式作用因子对RCC的异常可变剪接及肿瘤细胞功能的调控作用。使用生物信息学方法,从剪接事件的检测和定量等方面比较不同软件分析可变剪接数据的异同,分析可变剪接与肿瘤中的各种临床病理特征之间的关系,构建具有应用价值的可变剪接数据库。结果:可变剪接聚类分析可将RCC分成具有不同临床预后特征的分子亚型。RCC剪接效率降低的亚型中,内含子保留和盒式外显子增多等异常剪接事件的累积,与患者的不良临床病理特征、抑制性免疫微环境以及更短的总体生存期有关。肿瘤中的异常可变剪接可通过调节转录本转换影响基因的表达和功能,改变肿瘤相关分子通路的活性。剪接位点强度、可变外显子长度和GC含量等剪接序列特征是影响RCC中可变剪接平衡的重要因素。顺式作用元件的基因组变异尽管与剪接事件关系密切,但与RCC亚型中异常剪接事件的累积并无明显关系。干扰TIA1和G3BP2的表达引起的可变剪接改变,部分与RCC中的异常可变剪接相同,干扰G3BP2的表达可促进肾透明细胞癌细胞的增殖和迁移功能。可变剪接与大量的分子通路存在显著的相关性,它们的改变共同受到免疫微环境的影响,而异常剪接事件的大量累积及其相关的剪接应激也有抑制分子通路的作用。不同软件分析的可变剪接数据尤其是对基因组未注释剪接事件的检测方面存在明显的不同,而肿瘤中不同临床病理特征之间同样存在大量的剪接事件差异,对这些分析结果进行整理合并,搭建了开放访问的公共数据库Onco Splicing（www.oncosplicing.com）。结论:可变剪接可将RCC分成在临床病理、生存预后及免疫表型上具有显著差异的7个分子亚型,是预测患者临床预后和免疫治疗反应的潜在生物标志物,也是潜在的治疗靶点。TIA1和G3BP2等剪接因子的表达变化是调控RCC中可变剪接异常改变的主要原因,而抑制性免疫微环境促进了组织细胞中异常剪接事件的累积。可变剪接异常可通过诱导m RNA降解或改变蛋白序列,影响剪接因子或肿瘤相关基因的表达和功能,在肾细胞癌发生发展中发挥作用。