我国湿地保护法制建设起步较晚，发展较快，全国已有十九个省、市、自治区出台了湿地保护地方性法规、规章，但是，国家层面的湿地立法长期缺失，湿地保护长效机制也未建立。本文在全面回顾我国湿地保护法制建设的发展历程之后，对我国湿地保护法律制度建设中存在的这三个主要问题及其原因予以深入分析。第一，我国有关湿地的地方性法规、规章大都着眼于湿地的资源开发而非生态保护；立法者对湿地生态系统管理认识不足，亦使散见于现行法中的湿地保护制度未得到全面实施。究其原因，我国尚未形成基于生态系统管理的湿地保护法律制度。第二，湿地管理体制的缺陷：即“分部门实施”陷入职责界限不清、职权重复交叉的困境，“综合协调”陷入协调机制缺失、协调无力的困境，已成为我国湿地保护法律制度的痼疾。在国家立法缺位、多部门管理体制改革尚待推进的现状下，湿地管理体制的立法完善面临挑战。第三，我国湿地法律调整机制存在弊端：倚重行政调整方法，却难以克服其局限性；市场调整方法很不成熟；未有效运用社会法的调整方法。由此导致湿地保护与开发、利用之间的利益冲突得不到现行法有效调整。湿地保护需要综合运用多种法律调整机制。从理论和实务层面分析上述问题，旨在为完善我国湿地保护法律制度提供理论联系实际的研究思路。本文主张，完善我国湿地保护法律制度的核心在于，构建基于生态系统管理的湿地保护法律制度：将湿地生态系统作为独立的保护对象，加强生态利益法律保护。将湿地保护红线制度、湿地生态影响评估制度、湿地占补平衡制度、湿地分级分类保护制度和自然保护区制度等十余项湿地保护制度作为基本制度选择，在制度构建中体现基于生态系统管理的法理创新。为完善湿地管理体制，应当改变湿地要素式管理体制，建立与湿地生态系统相适应、多部门参与的决策机制；立法明确湿地主管部门的管理职责，确立职权明确、架构合理的湿地保护综合协调机构，构建有效的综合协调机制和湿地信息共享机制，建立湿地保护的公务合作制度。现实和可持续发展都需要全国性湿地保护专门立法，综合运用多种法律调整方法，完善湿地保护与开发、利用的法律规制。首先，建立生态用地保护法律制度，完善湿地保护监测制度和规划制度，筑就湿地保护与开发利用法律规制的基础；其次，确立湿地用途管制制度与湿地征用审批制度，落实湿地开发利用的政府规制；再者，完善湿地资源有偿使用制度，实现湿地开发的市场规制；公众、NGO参与湿地保护、监督和制约政府规制的制度建设亦不容忽视，应当完善信息公开制度、环境知情权制度、公众参与环境影响评价制度、公益诉讼制度，建立全社会保护湿地的激励机制和监督制约机制。全文三大部分，逻辑紧密，层层递进。由回顾我国湿地保护法制建设开篇，着重分析我国湿地保护法律制度存在的三个主要问题，运用理论联系实际的方法探讨问题的原因，最后，阐述完善我国湿地保护法律制度的建议。