东江是珠江流域三大水系之一，具有供水、发电、航运、灌溉、渔业、防咸等多种功能，对于东江区域的经济发展、国民建设和人民生活具有重大意义。近年来，东江河流水质下降，水生生态系统遭受严重破坏，建立可靠的东江水质生物监测体系具有重要的实际意义。河流中附生硅藻固着于河流底栖基质，对水体环境变化非常敏感，是河流水质以及生态质量评价中非常适合的指示生物。　　本研究以河流附生硅藻作为研究主体，在东江水系设置27个样点，采集附生硅藻样品和水质样品，对东江河流水质和生态质量进行综合评估，得到如下结果：　　一、东江全流域共发现附生硅藻98亚种和变种，2纲6目8科30属。其中，丰度较高的Navicula(舟形藻属)、Gophonema(异极藻属)、Nitzschia(菱形藻属)、Achnanthes(曲壳藻属)为东江附生硅藻群落的优势属。优势种则包括Nitzschia palea，Gomphonema minutum，Gomphonema parvulum，Achnanthes catenata，Eolimna minima，Navicula cryptotenella，Achnanthidium minutissimum等。　　二、研究了水质指标和地理因素对河流附生硅藻群落的影响。TWINSPAN分类和CA排序结果显示，东江流域存在4个具差异的硅藻群落。CCA排序前两轴解释了硅藻群落变异程度的45.2％。CCA排序轴1与水质指标(NO2-N、NO3-N)显著正相关，与DO和SiO2两参数显著负相关。第二轴与pH和降雨量两环境变量显著正相关。偏CCA显示，地理因子和水质因素分别解释了东江流域硅藻群落变异的25.7％和52.5％。结果表明，东江流域附生硅藻群落结构是受到水质和地理因子共同作用的结果，水质对其硅藻群落起决定性作用。　　三、利用相关系数分析，因子分析，聚类分析，箱型图分析和判别分析等统计方法验证七项硅藻评价指数(IPS，IBD，IDG，TDI，SLA，DESCY和CEE)对于东江水系河流水质评价的适用性。通过相关分析和因子分析选出八项主要参数(DO，BOD5，CODMn，TN，NO3-N，NO2-N，TP，SiO2)进行层次聚类，得出水质分类。IPS，IBD，IDG和CEE四项指数在水质分类的箱型图分析中表现较好。IPS，IBD，IDG和CEE四项指数的逐步判别分析(引入的p=0.20，剔除的p=0.25)结果显示：IPS和CEE指数都只选出了NO2-N指标，分类判别的正确率较低，为55.6％和48.1％；IBD指数引入了NO2-N，CODMn和DO三个解释变量，判别正确率为74.1％；IDG指数引入了BOD5和NO3-N两个变量，分组正确率为63.0％。通过硅藻种群结构聚类进行水质分类，IBD和IDG指数在水质分类的箱型图呈现出明显合理的趋势。研究表明硅藻指数适合用于东江的水质，特别推荐IBD和IDG指数。　　四、对比分析了硅藻多样性指数、硅藻评价指数、硅藻生态类群划分体系三种评价方法。研究表明，多样性指数具有评价不确定性，硅藻生态类群评价有时难以定量，硅藻评价指数存在地域适用性问题。因此，为提高评价结果的可靠性，应联合使用多层次的硅藻评价方法。　　五、综合评价分析表明，东江水系河流总体处于中等水质标准。其中，增江中上游龙门段、西枝江上游段、康禾河、涮江等支流河段水质优良。东江源头两河流寻乌水和九曲河，出现轻度富营养化现象。东江下游支流石马河、淡水河、公庄河、增江支流西福河，有机负荷和营养水平高，污染严重。