采用基因芯片技术筛选乳腺原发癌与淋巴结转移癌的差异表达基因及临床病例验证

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背景: 乳腺癌是女性常见的恶性肿瘤之一,尽管诊断水平不断提高和治疗措施不断改进,但患者的死亡率仍得不到有效控制。复发和转移是导致乳腺癌患者死亡的主要原因。提高患者的生存率、改善预后的关键在于早期对转移潜能及预后进行准确评估,从而指导临床进行及时、有效的治疗。肿瘤细胞转移能力的获得是由转移相关基因改变调控的,因此转移相关基因的筛选对转移预测和预后评估具有重要意义。肿瘤的发生和发展是一个多因素、多阶段的复杂过程,在基因水平上涉及众多基因的相互协同作用。基因芯片技术以其高通量平行检测的技术优势使我们能从基因组范围内对组织细胞的基因表达谱进行研究,为研究肿瘤发生发展中多基因改变的分子机制提供了有力的工具,因而在乳腺癌转移及预后研究中具有特殊优势。 目的: 通过比较乳腺原发癌与淋巴结转移癌的基因表达差异,筛选乳腺癌转移相关基因;对差异基因在mRNA水平上进行大样本量临床病例验证,并分析其与临床病理因素的关系及作为乳腺癌转移和预后相关基因的意义。 方法: 采用单链引物扩增(single primer amplification, SPA)标记方法和含21,000个人功能基因的Oligo芯片,比较10例淋巴结转移阳性乳腺癌患者的原发癌及淋巴结转移癌的基因表达谱差异,筛选至少5对样本中有1.5倍以上共同差异表达趋势的基因;使用GoMiner软件分析差异基因的功能;分析差异基因间的相互联系;用cluster软件对样本进行平均聚类分析;采用实时定量RT-PCR方法对差异表达基因进行临床病例验证。
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