古代壁画是我国最珍贵的文化遗产之一,具有巨大的历史和艺术价值。但是由于年代久远、保存环境简陋、材质脆弱,再加上洪水、沙尘等自然灾害和人为的破坏,现存的古代壁画之上产生了不同程度不同种类的病害。要对这些壁画进行预防性保护监测或对病害进行修复,需要根据病害的类型采取不同的措施。其中一项重要的过程是在所获取的图像上对病害的类型、程度和区域进行精准的标识,以为修复或监测分析工作奠定基础。目前壁画病害的标识一般使用通用工具如AutoCAD等,这类工具存在着专业针对性差,学习周期长,操作繁琐等问题,很难满足修复工作的需要。通过对古代壁画病害标识工作的调研,本文提出了一种专业针对性强,学习周期短,操作简捷,功能全面的古代壁画病害标识系统,并提供了对四种主要病害的自动标识功能。通过在敦煌莫高窟的实际应用,证明本系统可以减轻病害标识工作的繁重程度,极大的提高病害标识工作的效率。本论文介绍了古代壁画病害标识系统的设计和主要功能的实现,主要的贡献有两个方面:针对病害监测工作的需求增加了对病害数据统计和病害标识图像输出的功能,同时为了提高标识工作的效率,进行了许多用户操作和功能的优化,大大提升了系统对超大图像和多幅图像的功能支持。