【摘 要】
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牦牛腹泻是由多种因素引起的胃肠道性疾病,主要临床特征为体温升高、黏膜糜烂脱落、体重减轻等。常见的能导致牦牛腹泻病毒包括:牛病毒性腹泻病毒（Bovine Viral Diarrhea Virus,BVDV）、牛冠状病毒（Bovine Coronavirus,BCoV）和牛轮状病毒（Bovine Rotavirus,BRV）。三种病原引起牦牛的临床症状相似,且易发生混合感染,一方面造成了我国牦牛养殖业
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牦牛腹泻是由多种因素引起的胃肠道性疾病,主要临床特征为体温升高、黏膜糜烂脱落、体重减轻等。常见的能导致牦牛腹泻病毒包括:牛病毒性腹泻病毒（Bovine Viral Diarrhea Virus,BVDV）、牛冠状病毒（Bovine Coronavirus,BCoV）和牛轮状病毒（Bovine Rotavirus,BRV）。三种病原引起牦牛的临床症状相似,且易发生混合感染,一方面造成了我国牦牛养殖业较大的经济损失,另一方面也给临床防治带来了很大的困难。本研究旨在了解四川省甘孜藏族自治州甘孜县牦牛腹泻病毒性病原情况,对采集的临床健康牦牛粪便样本进行BVDV、BCoV和BRV分子检测以及相关基因组分析,取得以下结果:1.2021年3月至2021年9月,在四川省甘孜藏族自治州甘孜县3个牦牛牧场共采集临床健康牦牛粪便样本185份。通过RT-PCR方法分别检测BVDV、BCoV和BRV。结果显示:其中BVDV的检出率为41.62%（77/185）;BCoV的检出率为7.03%（13/185）;BRV的检出率为0%（0/185）。BVDV和BCoV混合感染率为0.54%（1/185）。2.根据在Gen Bank中已发布的BVDV Npro基因和BCoV S基因参考序列,通过软件Primer5.0软件分别设计基因扩增引物,扩增阳性样本的BVDV Npro基因和BCoV S基因。共获得12株BVDV Npro基因和4株BCoV S全基因序列以及9株BCoV S1基因序列。将12株BVDV毒株Npro基因序列和20株参考株序列通过Meg Align进行核苷酸和氨基酸同源性分析。结果显示,本研究获得的BVDV毒株Npro基因与参考株核苷酸同源性介于97.4%～99.7%之间,氨基酸同源性介于95.7%～100%之间。与毒株SWU-Z6同源性最高,核苷酸同源性为97.4%～99.7%,氨基酸同源性96.9%～100%;通过MEGA X软件选用邻近法将获得的12株BVDV流行毒株与参考株构建基于Npro基因的系统发育树。结果显示,本研究所获得的12株B VDV毒株均与中国毒株SWU-Z6具有较近的遗传关系,均属于BVDV-1a亚型。将获得的9株BCoV S基因S1片段,通过Meg Align与22株参考株序列进行同源性分析,结果发现其核苷酸同源性为96.4%～98.5%、氨基酸为94.8%～98.2%。通过MEGA X软件构建系统发育树,发现甘孜县牦牛BCoV S1基因与加拿大毒株Quebec和美国毒株4-17-08的亲缘关系相近,但与中国毒株BCV-AKS-01和HLJ-1-CHN分布在不同小支上,上述结果表明了我国BCoV S1基因存在遗传进化不同的可能性。通过MEGA X软件选用邻近法将4株BCoV S全基因与22株参考毒株构建系统发育树,发现在本实验所获得的4株BCoV S基因均与中国毒株BCV-AKS-01的亲缘关系相近。综上所述,在甘孜县健康牦牛群中存在BVDV和BCoV,BVDV的基因型为1a型,而BCoV存在不同的遗传进化。本研究结果将有助于深入了解甘孜县牦牛源BVDV和BCoV分子特征,并为该地区防治牦牛腹泻提供了参考依据。
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