B型烟粉虱免疫虫生真菌和双生病毒机制的转录组学研究

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烟粉虱是遗传研究和基因组信息比较缺乏的物种。目前,烟粉虱中可有效利用的标记数量非常有限。本实验通过Illumina高通量测序的方法,对经玫烟色拟青霉和番茄黄化曲叶病毒感染后的B型烟粉虱转录组测序,通过分析大量的测序结果,发现了相当多差异表达的免疫相关基因,揭示了烟粉虱经外源病原体感染后转录组水平的复杂的调控网络。之后,利用qRT-PCR的方法对测序结果进行了验证。并对差异基因富集的信号通路及相关代谢途径进行表达模式的分析、基因的分离、系统发生分析和功能验证。主要实验结果和结论如下:  1.B型烟粉虱发育过程不同龄期的幼虫以及卵、蛹和成虫抽取总RNA后进行利用Illumina技术测定其转录组序列,共测定了27,000,004条clean reads片段,reads平均长度为90bp。经Nr、SWISSPROT、COG、GO、KEGG等数据库注释和分析后共获得79,109条具较高注释可信度的Unigenes,其中昆虫免疫直接相关的Unigenes共计182条。  2.对转录组数据库中的杀虫剂的靶标基因以及抗药性相关的基因进行了系统发生分析,并归类了这些基因家族成员。  3.经玫烟色拟青霉感染的B型烟粉虱幼虫以及感染番茄黄化曲叶病毒和玫烟色拟青霉的B型烟粉虱成虫经Illumina测序后以log2值(变化倍数)>2和<-2、P-value值(统计学有效值)<0.001、FDR(错误发生率)<0.01作为筛选基因的标准,检测到分别有872、199和204个差异表达的unigenes。其中,在免疫相关的信号通路和代谢途径中都有基因发生了不同程度的上调和下调,表明它们在烟粉虱免疫真菌和病毒的过程中发挥着重要的调节作用。  4.利用RT-PCR的方法检测了22个基因的相对表达量,结果与测序结果基本一致,表明转录组测序结果是可靠的。  本研究不仅补充了B型烟粉虱的遗传和基因信息,对抗药性相关的基因家族成员的聚类分析也为烟粉虱的生物防治和新的农药靶标的筛选提供了新的理论和数据支持。同时经玫烟色拟青霉和番茄黄化曲叶病毒侵染的数字基因表达谱分析也从转录组层面揭示了烟粉虱免疫虫生真菌和双生病毒的分子机制。
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