基于单细胞转录组测序探索卵巢癌异质性及化疗耐药机制

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研究背景卵巢癌是我国常见的女性生殖系统肿瘤之一,具有发现晚、易耐药复发、预后差等特点。高级别浆液性卵巢癌是最为常见的病理类型,其一线的治疗手段仍是卵巢癌肿瘤细胞减灭术辅以铂类为基础的化疗。卵巢癌具有强异质性,导致肿瘤增殖、侵袭、转移能力和对化疗药物敏感性的改变,大多数患者最终会因化疗耐药出现复发甚至死亡。目前卵巢癌铂耐药机制和肿瘤细胞的异质性仍有待进一步研究。本研究利用单细胞转录组测序技术,基于8例高级别浆液性卵巢癌的单细胞转录组数据,构建原位、复发以及转移病灶的单细胞全景图谱,初步探索卵巢癌的异质性及化疗耐药的潜在机制,以期为卵巢癌的治疗提供新的理论基础及方向。研究方法1.收集1例铂敏感复发的卵巢癌标本进行单细胞转录组测序,同时收集了 7例公共数据库的卵巢癌单细胞转录组数据进行合并分析,应用Seurat算法绘制了 8例卵巢癌样本的单细胞图谱,并利用标记基因鉴定卵巢癌的单细胞图谱的细胞类型亚群。2.提取8例卵巢癌样本数据中的肿瘤细胞亚群数据再聚类分群分析,使用ssGSEA算法对肿瘤生物学行为通路在肿瘤样本的表达情况进行富集分析。3.对耐药样本的肿瘤细胞的高表达基因进行筛选,应用TCGA数据库验证目标基因的预后分析,发现可能与卵巢癌化疗耐药及不良预后相关基因。4.使用Monocle算法对2例耐药卵巢癌样本的肿瘤细胞进行拟时序分析,发现耐药样本内部肿瘤细胞的恶性衍化关系,探索膜联蛋白A2(ANXA2)在化疗耐药的衍化轨迹上的表达情况。研究结果1.构建了 8例卵巢癌的单细胞转录组图谱,利用已知的细胞类型标记基因将细胞群分为上皮细胞、内皮细胞、髓系细胞、B淋巴细胞、T淋巴细胞、肿瘤相关成纤维细胞。2.对8例卵巢癌样本的肿瘤细胞群的生物学通路富集分析发现,不同样本的生物学功能及肿瘤信号通路的表达情况存在差异。3.ANXA2在铂耐药样本的表达均显著高于铂敏感样本,并且该基因的高表达与卵巢癌不良预后相关。4.铂耐药样本M1、M2的肿瘤细胞群存在恶性衍化轨迹,ANXA2在铂耐药表型形成轨迹中表达升高。结论本研究基于8例卵巢癌样本构建了单细胞转录组图谱,发现了不同卵巢癌患者中的肿瘤细胞异质性,证明了不同患者来源的肿瘤细胞群在基因表达模式、生物学功能及肿瘤信号通路上存在表达差异。ANXA2在铂耐药肿瘤细胞中显著高表达,且在耐药表型的肿瘤细胞衍化轨迹终点表达升高,ANXA2高表达与卵巢癌患者不良预后相关,提示ANXA2的高表达可能参与了卵巢癌肿瘤细胞耐药表型的形成。
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