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半滑舌鳎(Cynoglossus semilaevis)是我国重要的海水养殖鱼类,其主要经济性状多数属于数量性状(QTL),受到众多基因控制,拥有复杂的遗传机制,建立高密度的遗传图谱是精确定位这些QTL以进行选择育种的必要条件。单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism, SNP)标记的出现,很好地解决了这一问题,SNP在基因组中的分布非常广泛,密度高,并且易于自动化分析,非常适合于建立遗传图谱,进行精确的QTL定位。但在半滑舌鳎中,SNP应用研究起步较晚,缺乏足够的SNP位点来构建遗传图谱或进行关联分析。本研究以半滑舌鳎为研究材料,探讨了半滑舌鳎SNP标记的开发及检测。以本实验室构建的半滑舌鳎雌鱼fosmid基因组文库部分克隆的双末端测序结果为基础,对52段半滑舌鳎基因组DNA序列进行PCR-SSCP分析,检测结果发现24段序列具有SSCP多态性,通过对多态性产物测序得到115个SNP位点,SNP频率为0.74%,其中包括转换型SNP 79个、颠换型SNP 36个,并未发现三态和四态SNP位点。根据SNP位点设计引物,通过半巢式的等位基因特异性聚合酶链式反应(AS-PCR)检测和验证,结果共有17组引物得到了良好的分型结果。PCR产物经胶回收测序,测序结果表明,分型结果与测序分析结果完全一致。使用所有17组引物对野生半滑舌鳎群体进行AS-PCR分型检测,预期杂合度分布区间为0.097～0.508,观测杂合度分布区间为0.033-0.633,有效等位基因数分布区间为1.105～1.998；多态信息含量分析显示,该群体中8个位点为低度多态(PIC<0.25),其余9个位点为中度多态(0.25<PIC<0.5)；通过哈迪-温伯格平衡(HWE)和连锁不平衡检验(LD test),结果显示3个SNP位点差异显著(P<0.05),偏离哈迪-温伯格平衡,其余14个位点均符合哈迪-温伯格平衡平衡,没有明显的连锁不平衡。