基于组学技术的动物性别差异可变剪接研究

来源 :西北农林科技大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yipan1975
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性别二态性在生理和病理水平上得到广泛的研究。产生这些差异的原因多半是和基因在两性当中的活性、功能差异相关。此外,可变剪接是产生多样蛋白和参与基因表达调控的重要机制。正因为如此,可变剪接在发育、疾病和老化等方向发挥着重要的作用。大部分的细胞类型都会产生可变剪接的变体,尤其是细胞在受到外界干扰的情况下会产生差异的可变剪接事件,其中睾丸中的可变剪接的复杂性相比其他组织而言要高出很多。目前还没有从可变剪接的角度对性别二态性进行系统的研究。于是本研究基于RNA-seq数据细致地分析了多种哺乳动物的性别间差异的可变剪接和基因表达,同时构建了基于性别间差异的可变剪接数据库,以期能够全面、快速地挖掘造成性别间差异的关键基因,并着重研究了精子发生过程中可变剪接的动态变化。利用非人类哺乳动物评估性别偏向基因表达与可变剪接在多物种、多组织的保守程度将有助于科研人员理解与性别相关的表型差异。1.哺乳动物中性别间差异的可变剪接的分析通过对食蟹猴、狗、小鼠和大鼠的12个组织的性别间差异的可变剪接的分析,结果表明可变剪接的剪接位点具有序列相似性。此外基于性别偏向性的可变剪接和性别偏向性的基因表达,发现在性别偏向性中发挥重要作用的基因Kdm5c和Kdm6a。根据结果推测存在共同的调节因素影响着多物种、多组织的性别偏向性的可变剪接的发生。2.与性别相关的可变剪接数据库的构建基于RNA-seq数据,本研究进行了系统的性别间的差异的可变剪接分析。基于分析的结果,构建了涉及14个物种、91个组织中81037个性别差异的可变剪接事件的综合数据库。该数据库不仅包含性别间的差异可变剪接的基因剪接位点信息,还包含这些基因的功能、可能涉及的疾病、蛋白互作等信息。此外,在用户体验方面,用户可以快速的查询、下载和提交数据。3.精子发生过程中的可变剪接的分析通过对小鼠精子发生过程中动态的可变剪接的分析,结果表明在精子发生过程中可变剪接和基因的表达都呈现出阶段特异性。另外还发现Y染色体上的关键基因Eif2s3y和Zfy1都有可变剪接的发生。为了解可变剪接基因之间的依赖关系,最后基于基因共表达网络,并发现了潜在重要的剪接调控基因Atxn2l。综上所述,本研究对动物性别差异的可变剪接进行了系统的生物信息学分析,包括性别偏向性、性染色体、可变剪接序列相似性、相关数据库的构建以及精子发生过程中的可变剪接等方面,这将为理解动物中的性别差异提供了新的见解。
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