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结核病是当今世界范围内对人类健康最具威胁的传染性疾病之一,具有高感染率、高耐药率和高死亡率的特点。分子流行病学作为一种新的流行病学研究手段,能够很好地为结核病的预防和控制工作提供有效信息。追踪传染源和查证传播途径是长期困扰结核病流行病学研究的一个问题,也是分子流行病学要解决的首要问题。基因分型技术是分子流行病学研究的一个有力工具,在研究结核病传播规律方面有着不可替代的优势。理想的基因分型技术应当具备简便、快速、结果可在不同实验室间进行比较等特点。新疆地区位于我国西北边陲,与周围诸多高结核负担国家接壤,不仅结核病患病比率高,还具有其特有的结核病疫情特点。针对这些情况,对新疆地区结核病进行分子流行病学研究具有重要的理论研究意义和很迫切的应用需求。因此本论文选取了McSpoligotyping和MIRU-VNTR这两种比较适合的基因分型技术,对新疆地区结核分枝杆菌样本进行研究。论文内容如下:第一章内容为绪论,首先概述了结核病的流行现状、特征、成因和结核分枝杆菌的概况,介绍了通用的结核病诊断方法,并说明了结核分枝杆菌的耐药性。接着详细阐述了结核分枝杆菌的基因分型技术及其通过分子流行病学在结核病防控中的作用。最后阐述了新疆地区特有的地理条件和结核病流行情况,并提出了本论文的研究目的、内容及研究意义第二章,用McSpoligotyping分型体系对新疆地区结核分枝杆菌样本进行分型研究。对新疆维吾尔自治区胸科医院的971份结核分枝杆菌样本进行McSpoligotyping分型,对所有菌株基因型进行分析,我们总共发现159种基因型,其中有91种基因型在SITVIT2数据库中已存在,其余68种为新的基因型。经SITVIT2数据库比对及TB-Lineage预测,971份菌株分布在12个家族中,按家族的菌株个数从高到低分别是Beijing家族（68.28%）、T家族（10.81%）、CAS 家族（7.83%）、Ural家族（6.18%）、MANU 家族（2.27%）、LAM 家族（1.44%）、H 家族（1.13%）、X 家族（0.72%）、EAI 家族（0.41%）、S家族（0.41%）、BOV家族（0.21%）、Microti家族（0.21%）和Undefined（0.10%）,其中Beijing家族为主要流行家族。所有971份菌株形成了 47个簇,成簇率为83.63%,McSpoligotyping 分型结果的 Hunter-Gastom 分辨指数（HGDI）为 0.5941。这些结果说明了新疆地区结核分枝杆菌以Beijing家族基因型为主,并且拥有一些本地区特有的基因型。由于这个原因,McSpoligotyping分型对于以Beijing家族为主的新疆地区结核分枝杆菌分辨率较低,成簇率较高。第三章,针对上述新疆地区结核分枝杆菌的McSpoligotyping分型结果,通过之前收集的五种一线抗结核药物和十二种二线抗结核药物的药敏信息,进一步分析Beijing家族菌株与耐药的相关性。结果显示,新疆地区结核分枝杆菌中Beijing家族菌株与非Beijing家族菌株之间的耐药率没有显著差异。对于数量相对较多的Beijing家族、T家族、CAS家族、Ural家族和MANU家族这五个家族进行对比,五个家族对于五种一线药物的耐药率总体不具有显著差异（P值大于0.05）,但对于多重耐药（MDR）则有显著差异（P值小于0.05）。进一步在各家族之间进行分析比较,则发现对于异烟肼的耐药率,Beijing家族、T家族和CAS家族显著高于Ural家族。对于链霉素的耐药率,Beijing家族和T家族显著高于Ural家族。对于MDR比率,CAS家族显著高于T家族,CAS家族显著高于Ural家族。通过不同年份的对比,北京家族和非北京家族菌株在不同年份中的五种一线药物耐药率和MDR 比率均无显著差异。第四章,用MIRU-VNTR基因分型技术对新疆地区结核分枝杆菌进行分型研究。首先查阅资料,选取了合适的MIRU-VNTR分型位点,确定了使用VNTR 9+3的分型体系,对符合样本浓度要求的257份结核分枝杆菌样本进行分型实验。结果显示,VNTR-9将257份标本分为190种基因型,其中105株结核分枝杆菌聚为37个基因簇,成簇率为26.46%,其余152株结核分枝杆菌表现为独特的VNTR-9基因型,呈现出较高的基因型多样性;对于105株成簇菌株进一步进行HV-3分型,其中39株结核分枝杆菌聚为19个基因簇,其余66株结核分枝杆菌表现为独特的VNTR-9基因型。总的VNTR 9+3将257份标本分为238种基因型,其中38株结核分枝杆菌聚为19个基因簇,成簇率为7.39%。对于这257份样本,VNTR 9+3分型结果的HGDI为0.9994,McSpoligotyping分型结果的HGDI为0.6053;对其中的Beijing家族菌株进一步研究发现,McSpoligotyping分型的HGDI仅为0.1136,VNTR-9分型的HGDI为0.9892,VNTR 9+3分型的HGDI为0.9989。由此可见,本研究选取的VNTR 9+3分型的分辨率要高于McSpoligotyping分型,尤其是对于Beijing家族菌株。9个VNTR位点等位基因多态性分析表明,各VNTR位点等位基因多态性存在差异。VNTR位点多态性最高的为Qub18位点（h=0.7814）,最低的为MIRU40 位点（h=0.3485）;9 个位点中 QUB18、QUB-11b、MIRU26、QUB-26、Mtub21、VNTR2372等六个位点,分辨力均较高（h>0.6）,说明新疆结核分枝杆菌VNTR位点具有较高的等位基因多态性。通过聚类分析,VNTR 9+3将菌株分成三个类群,其中类群Ⅰ包括了所有北京家族菌株,类群Ⅱ和类群Ⅲ为非北京家族菌株,这三个类群在耐药表现上没有显著差异。综上,本研究对了解新疆地区结核分枝杆菌的遗传多样性及传播动态提供了有效信息。本研究表明了新疆地区具有以北京家族菌株为主的高度多样性的结核菌菌群结构,不同的菌群可能存在耐药表现上的差异。此外,较高的耐药率和较低的成簇率表明了在所研究的时期内,新疆地区的结核分枝杆菌的耐药发生可能与最近的传播无关,相反,可能与复发或不适当的治疗有关,这表明需要更有效的控制策略,比如加强患者对治疗、标准化用药的依从性,以防止耐药结核病的发生。