联合国大会在2003年审议通过的《联合国反腐败公约》中明确规定了未定罪案件的刑事没收程序,此后各国（地区）相继在他们的诉讼制度中规定了该程序。我国也借修订《刑事诉讼法》之机,从我国的实际出发,并结合自身法律文化传统,在借鉴国外有关经验的基础上,设立了犯罪嫌疑人、被告人逃匿或死亡案件违法所得没收程序。2012年《刑事诉讼法》对该程序的规定仅有四条,内容粗糙,在程序设计上较为抽象,虽然此后陆续出台了相关的司法解释,但违法所得没收程序的许多内容在适用上还存在问题,本文试图分析该特别程序在适用上存在的问题与不足,进而提出完善违法所得没收程序的措施。除了引言和结语外,正文分为四个部分,共约三万余字。第一部分主要介绍了违法所得没收程序的一般理论,包括基本释义、特征、意义。第二部分集中分析了其他国家的违法所得没收程序,在介绍完英美法系中美国民事没收程序、英国民事追缴程序和澳大利亚犯罪收益追缴程序后,又对大陆法系的德国客观诉讼程序、意大利保安处分制度和台湾地区单独没收程序进行了总结。最后,从这些域外考察中得出了一些启示,以供我国违法所得没收程序参考。第三部分论述了我国违法所得没收程序在适用过程中所存在的问题,主要有五个方面,分别是程序的申请主体不合理、没收财产的界定不严谨、案件的适用范围不明晰、举证责任和证明标准不明确、权利的保障和救济不完备。第四部分论述了适用该程序应遵循的基本原则,并基于第三部分的分析,进一步提出解决问题的措施。在程序的申请主体上,应当赋予利害关系人的申请主体资格。设立激励机制,鼓励被追诉人的近亲属主动申请；在没收财产的界定上,非实体性财物应当纳入到没收的范围内,针对混合财产的没收要分情况处理,供犯罪所用的本人财物应排除在没收范围之外；适用的案件类型应做适当且明确的扩大,删除“等重大犯罪案件”这些具有类推性质的表述,不单单以案件的严重性和通缉时间来作为适用标准；利害关系人和检察机关应实行不同的证明标准；在权利的保障和救济上,应在公告通知方面做进一步的修改,完善涉案财物的保全措施。