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目的本实验运用双向凝胶电泳(two dimensional gel electrophoresis，2-DE)技术、质谱分析(mass spectrometry，MS)技术以及生物学信息数据库搜索等方法，筛选乳腺癌组织与周围正常乳腺组织之间的差异蛋白，通过比较这些差异表达蛋白谱，寻找和鉴定与乳腺癌相关的蛋白质，深入了解这些蛋白质的结构和功能，筛选出与乳腺癌诊断及预后相关的特异性标志物并为进一步研究奠定基础。方法选取新鲜乳腺浸润性导管癌组织及癌旁3.0cm以外的周围乳腺正常组织（经病理证实）30例进行双向凝胶电泳，得到的差异蛋白点用ImageMaster2DPlatinum5.0图像分析软件进行分析，显示蛋白点强度比值>2.0，说明蛋白点具有表达差异。运用基质辅助激光解吸电离时间飞行质谱分析(matrixassisted laser desorption ionization-time of flight-mass spectrometry， MALDI-TOF-MS)对所筛选的差异蛋白点做质谱鉴定；根据检索软件Mascot计算得到蛋白的分值，分值达到70分以上认为这个蛋白质鉴定可靠；将质谱分析得到的数据输入NCBI数据库来获得蛋白质的信息。结果利用ImageMaster2D Platinum5.0凝胶图象分析软件对两样本总蛋白进行分析，寻找差异蛋白位点，得出结果：浸润性导管癌组织总共有1040±15个蛋白位点，癌旁正常乳腺组织共得到了1003±17个蛋白位点。根据ImageMaster2D Platinum5.0凝胶图象分析系统分析后所得到的差异蛋白数据，从中选择差异在2倍以上的经肉眼确认的28个蛋白位点进行质谱分析，其中有22个蛋白点表达上调，6个蛋白点表达下调。最终有23个蛋白点得到鉴定（蛋白得分大于70分）。这些蛋白大致分为：（1）S100钙连接蛋白：S100-A11；（2）分子伴侣：热休克蛋白27（HSP27）、热休克蛋白70（HSP70）、热休克蛋白90（HSP90）；（3）应激和氧化应激相关蛋白：应激诱导磷蛋白-1、锰超氧化物歧化酶。（4）细胞骨架蛋白:角蛋白-1。（5）其他：钙网蛋白、微管蛋白-β、α-烯醇化酶、延胡索酸合酶、肌动蛋白-β、3-磷酸甘油醛脱氢酶、肽基脯氨酰异构酶A（PPIA）、组氨酸三联体核苷酸结合蛋白-1、半乳糖凝集素-1、原肌球蛋白-3、钙调蛋白-3、钙调素样蛋白-5。结论1.应用双向凝胶电泳技术成功的分离并筛选出与乳腺浸润性导管癌相关的差异蛋白。每张双向凝胶上成功分离出1000多个蛋白位点，较高的分辨率有利于差异蛋白的筛选。2.根据ImageMaster2D Platinum5.0凝胶图象分析系统分析后所得到的差异蛋白数据，从中选择差异在2倍以上的经肉眼确认的28个蛋白点进行质谱分析，22个蛋白表达上调，6个蛋白表达下调。最终有23个蛋白点得到鉴定（蛋白得分大于70分）。其中S100-A11、热休克蛋白（27、70、90）、钙网蛋白、β-微管蛋白以及肽基脯氨基顺反异构酶这些蛋白在乳腺浸润性导管癌组织中呈现高表达状态，提示它们与乳腺癌密切相关，有可能成为乳腺浸润性导管癌的特异性标志物，为今后乳腺浸润性导管癌的发病机制、发生发展规律以及预后的研究奠定基础。3.质谱分析结果得分大于70分并以最高得分来判断有意义蛋白及最终确定肿瘤相关蛋白质。本实验肿瘤相关蛋白得分普遍较高，最高达630分，推测用新鲜乳腺癌组织进行蛋白质组学研究可能更具有优势。