如今,科学技术对人们的影响越来越大,科研发展也备受关注,随着我国科研经费总体规模的不断扩大,科研经费的管理工作也面临着严峻的挑战。东丽区设立科研机构扶持专项资金是东丽区政府大力发展科学技术、实现东丽区绿色高质量发展的一大举措,取得了一定的效果,但却存在科技产出效益低下、科技成果质量不高、专项资金管理效果不佳等相关问题。建立一套科学、完善的专项资金绩效评价体系,增强规范管理,提高科研机构扶持专项资金利用率是值得深入探究的问题。本文基于平衡计分卡理论,主要探讨天津市东丽区科研机构扶持专项资金的绩效评价问题。首先,在阐述国内外研究现状及相关理论的基础上,对天津市东丽区科研机构扶持专项资金绩效评价的现状、存在的问题进行了分析,论述了将平衡计分卡运用专项资金绩效评价体系的可行性。其次,从公众、财务、创新生态价值、内部流程和公共管理五个维度,构建了基于平衡计分卡的科研机构扶持专项资金绩效评价的指标体系。最后,以2017年度科研机构扶持专项资金为例,运用问卷调查和层次分析等方法,对新评价体系进行了具体应用,并指出了新评价体系运用应注意的问题。研究结果表明:将平衡计分卡应用于专项资金的绩效评价之中,可以更加全面、更加科学的反映出财政专项资金的实际使用效果以及存在的问题,可为以后年度该专项资金和其他财政专项资金的管理提供一定的借鉴和参考。将平衡计分卡应用于东丽区科研机构扶持专项资金的绩效评价中,能够客观且准确地反映出资金的实际使用效果和存在的漏洞问题,同时为以后年度该资金以及其他财政支出专项资金的绩效管理发挥借鉴和参考价值。