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虾夷扇贝(Patinopecten(Mizuhopecten)yessoensis)属软体动物门(Mollusa)，瓣鳃纲(Lamellibranchia)，翼形亚纲(Pterimorphia)，珍珠贝目(Pterioida)，扇贝科(Pectinidae)，虾夷扇贝属(Mizuhopecten)。原产于日本和俄罗斯，1981年引进我国，主要分布在山东、辽宁等海区，目前已在大连和山东海区形成了一定的养殖规模。近年来，由于人工养殖的原因，使得虾夷扇贝的群体出现了雌雄同体增多、人工育苗成活率低、种质资源退化等现象。为进一步提高养殖扇贝的产量和质量，保证扇贝养殖业的可持续发展，进行贝类的遗传育种改良、增加贝类的遗传多样性已成为人们关注的课题。DNA分子标记所具有的稳定性、准确性和可靠性使其能够准确的反映生物的遗传信息。本文利用AFLP和SSR两种分子标记研究了三个野生群体(QSX、HSW、LSK)以及四个养殖群体(ZZD、XCS、GLD、LS)虾夷扇贝的遗传变异和遗传结构，以期为虾夷扇贝的遗传育种工作提供一定的理论基础。 实验共筛选了七对AFLP引物以及三对SSR引物，对七个群体的168个(平均每个群体24个个体)虾夷扇贝进行了研究。利用Popgen 32软件分析了群体内的遗传变异和群体间的遗传结构，计算不同地理种群的遗传距离，用UPGMA法构建了七个群体的系统发生树。两种方法所得的结果如下： 利用七对AFLP引物共扩增出450个位点，其中有424个多态性位点，平均每个引物扩增出60.6个多态性的位点。三对SSR引物共扩增出21个等位基因，平均每个位点为7个。在检测遗传变异时两种方法都表明七个群体都具有很高的遗传多样性。而且，SSR检测到的变异性明显高于AFLP标记的检测结果。两种方法检测的有效等位基因数(Ne)分别为1.4091(AFLP)和2.6412(SSR)，AFLP检测到的杂合度Nei(H)指数分布在0.2200和0.2561之间；SSR检测的观测杂合度分布