孵化器是中小科技企业成长初期的恒温箱,为新创的中小科技企业提供硬件便利和政策支持,在我国现代科技企业的发展中发挥着重要而独特的作用。西南地区(川、渝、滇、黔、藏)作为我国重要的科教中心、原材料基地和经济腹地,坐拥丰富人力资源和自然资源的先天优势,“起步晚、潜力大、发展快”的孵化器特征使西南地区在全国孵化行业竞争中独树一帜。2013年西南地区的科技企业孵化器增至49家,孵化器收入和孵化基金总额分别达2.55亿、7.58亿元,区内孵化器现已初步呈现出功能专业化、投资主体多元化、形式多样化和组织网络化的发展局面(科学技术部,2013)。然而,在孵化器盲目上马、决策管理者缺乏长远规划等因素的作用下,西南地区科技企业孵化器的运行状况出现两极分化的趋势,个别竞争优势不明显、运行机制不够成熟的孵化器弊端开始凸显,在孵企业创新乏力、成活率持续走低的现象使得进驻企业对孵化器的前景产生动摇,进而给西南地区中小科技企业的健康成长带来巨大的行业风险。因此,对西南地区科技企业孵化器运行效率进行客观评价并给出相应对策建议,对于提升孵化器运行水平、激发中小企业创新活力、提高企业孵化效率具有理论与实践的双重意义。本文的研究内容包括：第一部分,引言。主要介绍了本文的研究背景与意义、文献综述和研究思路等；第二部分,理论基础,阐释了企业生命周期理论、资源依赖理论和规模经济理论的主要内容及对本文的启示,理清了科技企业孵化器及其运行效率的内涵；第三部分,分析了西南地区科技企业孵化器发展现状与存在的主要问题；第四部分,构建西南地区科技企业孵化器运行效率评价指标体系和DEA评价模型。第五部分,分省份、运作模式对西南地区科技企业孵化器运行效率进行实证分析,并对评价结果进行聚类分析。第六部分,得出研究结论,并提出改进西南地区科技企业孵化器运行效率的对策建议。主要研究结论如下：(1)我国西南地区科技企业孵化器的运行效率平均水平不高,整体运行效率在2010-2013年间呈上下波动的趋势,综合效率徘徊于0.700上下。(2)不同区域和模式之间的科技企业孵化器运行效率存在较大差异。(3)西南地区低效型科技企业孵化器数量较多,II类、III类和IV类科技企业孵化器共13家,占总比重的46.43%。综上,本文提出了以下对策建议：(1)优化孵化资源配置结构；(2)搭建公共技术服务平台：(3)完善孵化服务体系；(4)创新孵化机制和运营机制。