种业是国家的基础性、战略性产业,是保障国家粮食安全的根本。种质资源是种业发展的基石,是国家战略性资源,事关种业振兴全局。目前,我国种质资源知识产权的法律保护体系主要问题表现在:立法中相关核心概念界定不清、农民留种问题过于框架化、国内外法律适用标准不统一;司法中裁判法律依据制度落后、部分判定自由裁量权过大、非法代繁侵权行为认定难;行政管理中农业和林业行政管理不统一、行政责任主体不明确、执法机构冗杂;育种知识产权运转体系上存在品种同质化严重、创新体系差、育种体系不健全等。上述多种因素交互导致我国种质资源保护面临现实困境。强化种质资源知识产权的法律保护需要从立法、司法、行政管理等多个路径协同发力。在立法层面,我国应尽快加入UPOV1991文本,提高国际保护门槛,国内法层面及时修订出台《植物新品种保护条例》。农民留种应该采纳弱产权化保护性思路,对“农民主体”进行立法限定,明确豁免主体应是以家庭联产承包责任制的形式签订农村土地承包合同的农民个人,不包括合作社、种粮大户、家庭农场、种植公司等新型农业经营主体;对“适用的土地范围”进行立法限定,明确适用的土地范围应当是通过家庭联产承包责任制承包的土地,目前暂时不应该包括通过各种流转方式获得经营权的土地。在司法层面,当受托人为农民主体时,与农民留种特权的交叉认定,侵权判定要综合考虑目的、规模、是否营利等具体因素,但是鉴于各地区土地面积相差悬殊,司法实践中应该根据地区土地数量差异综合衡量留种数量。侵权人拒不提供证据或者无法提供证据,可以采用举证妨碍推定制度予以直接认定。在行政管理层面,针对管理机关立法冲突问题,要尽快修订《植物新品种保护条例》中相关条款,将品种权侵权处理的行政主体下放到县级主管部门,同时统一农业和林业管理体制,明确责任主体,逐步建立省市县三级农林种质资源行政保护综合执法部门,加大跨区域执法协作力度。建立品种权申请和品种审定一个专门机关负责的制度,开通突破性品种审定与品种权申请统一办理渠道。