本文利用PCR方法扩增测序得到美洲鳄（Crocodylus acutus）、新几内亚鳄（Crocodylus novaeguineae）和奥利诺科鳄（Crocodylus intermedius）的线粒体基因组全序列,其基因组大小分别为:16, 883bp、16, 894bp和16, 828bp,与其他鳄类的线粒体基因组的基因组成和排列顺序相一致。整个基因组由22个tRNA,2个rRNA和13个蛋白编码基因及一个非编码的控制区所组成,相比于典型脊椎动物线粒体的结构而言,仅出现了两个tRNA基因重排:即在鳄类mtDNA中tRNAPhe转移到tRNAPro的3’端,同时tRNASer（AGY）和tRNAHis基因的位置发生了互换。基于12个重链上编码的蛋白基因序列,运用最大似然法和贝叶斯法重建系统树,对共19种鳄的系统发生关系进行了进一步的探讨,不仅讨论了鳄类科、属间的关系,对传统鳄属内的系统发生也做了相应的分析。研究结果支持现存鳄目聚为两支,即鼍科和鳄科。支持将传统食鱼鳄科的食鱼鳄（Gavialis gangeticus）并入鳄科,并作为鳄科中的一个属,与假食鱼鳄属构成姐妹群关系;鳄科中非洲窄吻鳄（Crocodylus cataphractus）应从鳄属中独立出来,重建长吻鳄属Mecistops。因此,可将鳄科内的属间亲缘关系表示为（（食鱼鳄属+假食鱼鳄属）+（鳄属+（长吻鳄属+骨喉鳄属）））。鼍科内,古鳄属与凯门鳄属构成姐妹群。在鳄属内,结果支持其分为两个世系:New World和Indopacific groups组,并且尼罗鳄（C. niloticus）与New World crocodilians构成姐妹群。