论文部分内容阅读
利用病毒宏基因组学(Viral Metagenomic)方法,构建林麝和麋鹿粪便病毒宏基因组学文库,解析二者粪便样本内病毒群落,挖掘新型病毒并分析其遗传特征。主要内容及结论如下:1.粪便病毒群落解析:林麝粪便病毒群落主要有圆环病毒科(Circoviridae)12.6726%、微小噬菌体科(Microviridae)42.7562%、拟态病毒科(Mimiviridae)1.2180%、野田村病毒科(Nodaviridae)5.7245%、未分类的病毒(None)占比25.8715%、藻类去氧核糖核酸病毒科(Phycodnaviridae)占比2.5980%、长尾噬菌体科(Siphoviridae)2.1163%、其他病毒科(Others)7.0429%。感染脊椎动物能力的病毒较多,其中星状病毒科(Astroviridae)、圆环病毒科、野田村病毒科和小RNA病毒科(Picornaviridae)构成了其主体部分,圆环病毒科占比最大。麋鹿粪便样本中病毒群落主要包括:圆环病毒科12.5612%、微小噬菌体科36.1924%、拟态病毒科3.6175%、未分类病毒科33.7381%、藻类去氧核糖核酸病毒科3.7572%、长尾噬菌体科5.5346%、其他病毒科4.5989%。有多种具有感染脊椎动物能力的病毒如圆环病毒科、疱疹病毒科(Herpesviridae)、马赛病毒科(Marseilleviridae)、痘病毒科(Poxviridae)等。林麝和麋鹿肠道病毒群落比较发现,二者的病毒种类数差异不大,病毒类别也仅有极小的区别。2.未知新型CRESS-DNA病毒的鉴定及遗传特征分析林麝粪便样本中发现9株CRESS-DNA病毒,通过Blastp同源性分析发现,UJSL001(3518 nt,Lin2)、UJSL003(3212 nt,Lin3)、UJSL006(2148 nt,Lin7)和UJSL017(3025 nt,Lin1)与CRESS-DNA病毒存在同源性相似,相似度是44.00%-62.54%。UJSL002(2665 nt,Lin3)、UJSL004(2866 nt,Lin5)和UJSL007(2526 nt,Lin9)与smacovirus保持高的同源性,相似度是69.09%-95.54%。lscyc(3552 nt,Lin7)和UJSL005(3852 nt,Lin6)与Circoviridae保持高的同源性,相似度分别为34.31%和32.63%。麋鹿肠道样本中发现6株CRESS-DNA病毒,其同源相似性区间为41.05%-84.49%,分别为Elk06cre1(2036 nt,Elk06)、Elk06cre2(3373 nt,Elk06)、Elk08cir(2431 nt,Elk08)、Elk10cre1(2275 nt,Elk10)、Elk10cre2(2772 nt,Elk10)和Elk10cre3(2657 nt,Elk10)。3.其他脊椎动物病毒的鉴定及遗传特征分析林麝粪便样本文库中分析了9株脊椎动物病毒序列,分别属于星状病毒科、细小病毒科(Parvoviridae)和小RNA病毒科。麋鹿粪便样本文库中分析了20株病毒序列,分别属于动脉炎病毒科(Arteriviridae)、布尼亚病毒科(Bunyaviridae)、杯状病毒科(Caliciviridae)、冠状病毒科(Coronaviridae)、黄病毒科(Flaviviridae)、丝状病毒科(Filoviridae)、正黏病毒科(Orthomyxoviridae)、副黏病毒科(Paramyxoviridae)和小RNA病毒科。结论:运用病毒宏基因组学方法揭示了林麝和麋鹿肠道内的所有病毒群落,且二者病毒群落差异不明显;分别从林麝和麋鹿肠道中发现了9株和6株新型的CRESS-DNA病毒;对林麝和麋鹿肠道中其他脊椎动物病毒进行系统发育分析确认其分类地位。