凝血因子Xa是抗凝血药物的重要靶点,准确计算凝血因子Xa与配体间的作用强度能够为开发新型抗凝血药物提供帮助。基于不同分子力场方法获得的MM-PB/SA计算结果不尽相同。为了进一步探讨不同力场方法对计算蛋白-配体结合自由能准确度的影响,本文以筛选出的47个凝血因子Xa-配体复合物为研究对象,对基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA三种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结合自由能结果的准确性等方面进行对比。结果表明:1、对于本文所研究的47个凝血因子Xa-配体复合物,基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA三种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结合自由能结果与实验值均相差较大;2、通过对比分析MM-PB/SA方法计算得到的各能量项发现,静电作用对凝血因子Xa-配体复合物的结合自由能影响最大。进一步分析静电作用计算结果发现,配体的带电情况以及配体中带电基团的种类对静电作用能有很大影响。基于上述讨论结果,尝试使用本课题组研发的PBFF方法计算47个凝血因子Xa-配体复合物的结合自由能。与基于AMBER99SB、CHARMM27和OPLS-AA三种力场的MM-PB/SA方法计算得到的结果相比,PBFF方法计算得到的结合自由能与实验值的相关性有所提高,相关系数为0.31。希望上述研究结果能够为发展准确计算蛋白-配体结合自由能的力场方法提供帮助,进而提高新药研发的效率。