产学研合作创新是市场经济和知识经济发展的必然产物。在全球经济一体化浪潮愈演愈烈的今天,以产学研合作为背景的创新活动已成为推动国民经济发展的有效手段,成为国家创新体系的重要组成部分。中国自1992年起,由国家经贸委、国家教委和中国科学研究联合实施了产学研联合开发工程,经过20多年的努力取得了一系列的丰硕成果。由起初的单部门单链式发展成为当前的复合部门多链式,完成了由线性模式到网络模式的转变。但合作强度地增加并不意味着合作质量地提高,高等院校和科研机构隐性的技术资源并不等价于企业的显性竞争优势,企业从科研教育单位获取的技术资源时有浪费,效率不高。本文以复杂系统理论为视角,建立了产学研合作创新效率的评价指标体系。并以此为理论分析框架,将四阶段DEA方法引入到产学研合作创新效率评价的研究中,并对该方法进行了改进,使得改进后的四阶段DEA方法在排除数据截断问题的同时,控制了环境因素和随机干扰项的影响。运用2003-2011年中国省级面板数据,从横向和纵向两个维度的视角对中国各省(市)产学研合作创新效率进行考察。研究表明：产学研合作创新的综合创新效率、技术创新效率和规模效率均显现出区域差异明显和周期波动的特征；环境因素对产学研合作创新的综合创新效率的具有抑制作用,对产技术创新效率具有促进作用,对规模效率具有抑制作用；无论是否控制环境因素,东部产学研合作创新的综合创新效率、技术创新效率和规模效率均为高于中西部和全国平均水平,中部均高于西部,低于全国均值。