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[目的]:1.分析AFP和GPC3基因在肝癌组织和癌周组织中的表达及对原发性肝癌的诊断价值;2.利用SELDI蛋白质芯片技术筛选原发性肝癌特征性血清标志蛋白并探讨在血清甲胎阴性患者中的诊断价值。[方法]:1.20例肝癌及相对应的癌周组织提取总RNA,利用RT-PCR方法对AFP、GPC3基因进行半定量分析。2.应用美国CipherGen公司表面增强激光解吸电离飞行时间质谱仪和蛋白芯片检测59例肝癌患者和59例性别、年龄匹配的正常健康人血清,其中18例肝癌患者血清AFP阴性(<20ug/l)。用Biomarker Wizard软件对肝癌组和正常对照组的蛋白指纹图谱进行分析,筛选出特征性的蛋白峰,分析该蛋白峰与临床资料的关系以及对血清AFP阴性肝癌的诊断意义;用Biomarker Patterns System软件对数据进行分析处理,建立原发性肝癌的诊断模型。[结果]:1. AFPmRNA、GPC3mRNA在癌组织和癌周组织的表达存在显著差异,在癌组织的表达率分别为70%和75%,联合应用达80%,AFPmRNA的表达与血清AFP值有关,而GPC3mRNA的表达不受血清AFP值影响,在肝癌组织中尤其在<5cm的肝癌中GPC3mRNA表达比AFPmRNA高。2. 39例肝癌患者和39例正常人血清蛋白质谱存在差异,其中分子量为4111.93、6462.67、6655.54、13784.19Da的4个蛋白峰肝癌组比正常对照组低,存在显著差异,应用这4个蛋白峰诊断原发性肝癌,其诊断肝癌的敏感性分别为76.92%、66.67%、76.92%、89.74%,特异性分别为92.31%、92.31%、89.74%、79.49%。以筛选出的四个肝癌差异蛋白峰建立诊断模型,其灵敏度和特异性分别为94.87%和92.31%,选用该模型对20例肝癌患者和20例正常对照进行盲筛,其灵敏度为95.00%,特异性为90.00%。利用该四个蛋白峰诊断18例血清AFP阴性的肝癌患者,其正确诊断率分别为:61.11%、72.22%、72.22%、88.89%。筛选出的特异蛋白峰与年龄、性别、HBV感染、血清AFP值、肿瘤大小以及是否合并肝硬化等临床资料无关。[结论]:1. AFPmRNA、GPC3mRNA在肝癌癌组织中的表达明显高于癌周组织的表达,GPC3mRNA表达与血清AFP水平没有相关性,提示可能是肝癌的一个新的肿瘤相关基因,对血清AFP阴性的肝癌具有一定的辅助诊断意义。2.肝癌患者与正常人的血清蛋白质谱存在差异,其中分子量为4111.93、6462.67、6655.54、13784.19Da的4个蛋白峰肝癌组比正常对照组低,存在显著差异。SELDL-TOP-MS技术是寻找疾病相关性蛋白质的有效工具,应用该技术发现的血清标志蛋白对肝癌的诊断价值较单一的血清AFP检测更大,并且对血清AFP阴性的肝癌患者有较大的辅助诊断作用。