企业的创新投入离不开资金的需求，然而中小型企业在筹资的过程中由于企业规模小、缺乏资产抵押、信用评级低、研发支出调整成本高等而受到更大的融资约束，进而影响企业的投资效率。理论界对于融资与研发的研究侧重于宏观的角度，本文侧重于从微观视角，定量测算企业研发投资效率，并对我国中小板上市公司研发投资行为、效率的影响因素以及融资约束对研发效率的影响进行实证分析。在理论上，本文将融资约束理论纳入到企业研发投资行为的研究，并且考察现金流、外部股权融资、债务融资与企业留存的现金对研发投资的影响。在方法上，本文选取中国中小板上市公司2007年~2012年622家企业的微观数据，从随机边界分析的角度入手，定量测算我国中小企业研发支出的效率。同时，本文采用股利支付次数以及构造KZ指数来衡量融资约束研究融资约束对企业研发效率的影响。研究结果表明（1）在存在融资约束的情形下，我国中小板上市公司研发支出效率偏离最优水平约6%，平均研发支出效率为94%。（2）不管是按股利支付次数分组还是根据Zscore值分组定义融资约束，融资约束组企业研发支出效率均小于非融资约束组。随着我国资本市场的不断完善，特别是2009年我国创业板市场的建立，我国中小板企业面临的融资约束得到了显著的改善，融资约束组企业投资效率显著增加；（3）西部地区资金短缺，面临更大的融资约束，西部地区研发投资效率小于中、东部地区。随着我国体制改革的深化、银行改制与金融中介的发展，这种差异在逐步缩小。不同行业研发支出效率存在显著差异，2012年行业研发支出效率值最高的为电子通信业，约为0.9439；最低的为采掘业，效率值约为0.9399；（4）除现金流外，其他无效率因子变量对研发效率的影响均显著相关。其中关于股权融资，融资约束组股权融资对研发支出效率影响更大；关于债务融资，融资约束组债务融资对研发支出效率影响较小；关于现金持有量，融资约束组现金持有量对研发支出效率影响较小。