近年来，随着我国经济的快速发展，国家对交通运输企业的发展也越来越重视，投资额也在逐年增加。交通运输企业驶入高速发展的快车道的同时，其内部审计工作也面临着革新。当前交通运输企业内部审计方式相对于经济社会的发展还很落后，使得其内部审计对一些新涌现的经济风险无法抵御。屡审屡犯、屡犯屡审的现象也越来越突出，此时迫切需要新的内部审计方式来解决此类问题，内部审计“免疫系统”理论就这样应运而生。审计“免疫系统”理论强调的是免疫，重点是预防，从源头上解决问题，防止屡审屡犯现象的发生，保证企业经济财产的安全。所以，研究内部审计“免疫系统”理论对交通运输企业具有较重要的意义。本文首先对研究的背景、目的、意义做了介绍，总结了国内外关于交通运输企业内部审计研究的现状，然后以管理审计理论、财务预警理论、“免疫系统”理论为理论基础，分析目前这些理论在交通运输企业中的现实应用，再对交通运输企业的基本情况，特征以及存在的问题进行分析，并结合内部审计“免疫系统”理论的功能，提出本文的创新点。最后通过案例分析，结合实践探讨内部审计“免疫系统”功能发挥的具体实现途径，分析中国远洋集团运输公司内部审计存在的问题，得出规范其内部审计的具体措施，从防御功能入手，加强自稳功能的发挥，根据预警功能建立中国远洋集团运输公司内部审计预警指标体系，进一步发挥内部审计“免疫系统”的各项功能。本文从“免疫系统”理论的三个功能入手，以交通运输企业的实际情况为出发点，完善交通运输企业内部审计“免疫系统”功能发挥的层次体系，构建交通运输企业内部审计“免疫系统”预警指标体系，对交通运输企业的内部审计具有一定的实践意义。