蒙古莸（Caryopteris mongolica Bunge）,为马鞭草科（Verbenaceae）莸属（Caryopteris）的多年生落叶灌木,具有观赏、药用、生态等价值,是国家三级保护稀有种。目前,对蒙古莸的研究主要集中在生理特性、繁殖栽培、群落结构等方面,而在遗传育种领域的研究相对滞后,鉴于此,本研究利用叶绿体基因组信息和转录组测序技术对蒙古莸的天然群体进行分子遗传学研究,同时,开发一批多态EST-SSR引物,为揭示蒙古莸遗传多样性提供有效的分子工具。其主要研究结果如下:（1）基于151707bp的蒙古莸叶绿体基因组信息,共发掘到31个蒙古莸cp SSR位点,其中,单碱基微卫星数量最多,在叶绿体基因组的LSC、SSC及IR区均有分布,三碱基微卫星数量最少,仅见于LSC区。将31个cp SSR位点设计成引物进行毛细管测试,最终筛出八对cp SSR多态引物。（2）利用八对cp SSR引物对蒙古莸进行UPGMA聚类分析,将蒙古莸群体聚为四大类:乌海海勃湾区与阿拉善左旗聚为一类,为一组;呼伦贝尔新巴尔虎右旗与银川永宁县各自成一类,分为两组;其余11个群体聚为一类。（3）本研究首次以蒙古莸茎叶为样本进行Illumina测序,共释放46.7Gb Clean Data的转录组数据,组装后得到总长为59742218bp的60293条Unigene,且分别注释到NR、COG、KEGG及GO数据库中,同时,基于转录组信息进行EST-SSR位点发掘与分析,共得到19839个EST-SSR标记,且最后筛选出13对高多态蒙古莸SSR引物,填补了蒙古莸SSR分子标记空白。（4）利用上述13对多态蒙古莸EST-SSR引物对13个群体的170份蒙古莸样本进行遗传多样性分析。结果可知:有9对EST-SSR引物的PIC值＞0.5,即表现出高多态位,说明引物有较好的鉴别力;对群体多态性分析得出:等位基因数（Na）均值为3.36,有效等位基因数（Ne）均值为2.33,观测杂合度（Ho）均值为0.43,期望杂合度（He）均值为0.47,Shannon’s信息指数I均值为0.79,13个地区的蒙古莸群体整体遗传多样性水平较高,（以He为准）将群体遗传多样性水平由高到低排列最终可得出:包头萨拉齐多样性水平最高,呼伦贝尔新巴尔虎右旗多样性水平最低。（5）基于AMOVA分析得出蒙古莸种内变异＞种间变异。F统计量分析得出:蒙古莸处于较大分化水平。基于EST-SSR标记的UPGMA聚类图知:将蒙古莸群体分为三支,银川永宁县群体单独分为一支,第二支又分两组:阿拉善左旗与鄂尔多斯鄂托克前旗聚为一组,乌海海勃湾区为一类;第三支分为两组:鄂尔多斯布拉格沟与呼伦贝尔新巴尔虎右旗为一组,锡盟二连浩特、东苏旗及西苏旗、包头萨拉齐、鄂尔多斯刘家店、呼市新城区、陕西靖边群体为一组。此外,Mantel检测发现,蒙古莸遗传距离与地理距离呈显著正相关。