完整的、体系性的南曲格律谱编纂工作始于沈璟,《南曲全谱》奠定了南曲谱编修工作的基石,对后世南曲谱的体例、材料、观点等都造成重要影响,其中“南九宫”和“十三调”体系更成为后世曲谱普遍无法摆脱的结构模式。明代王骥德以来学者多数承认“南九宫”与“十三调”体系的客观存在,当下相关南曲宫调的研究普遍对该体系进行解释与赞美。然而南曲本无宫调,自沈璟后“南九宫”体系方为传奇作者逐渐认可。一个对南曲进行规范的体系不可能凭空产生,而对此问题论者多数以历史遗存的说法一笔带过,相关南曲宫调体系建立过程的专门研究几乎不存在。本文试图自沈璟《南曲全谱》入手,通过曲谱本身呈现给后人的蛛丝马迹寻找线索,继而将《南曲全谱》的宫调体系与产生于沈璟之前的曲谱、各大南北曲选以及《琵琶记》等早期戏文传奇对宫调的归纳使用一一进行比对,以逐步复原沈璟乃至沈璟之前蒋孝诸家建立“南九宫”、“十三调”体系的全过程。《南曲全谱》的宫调体系是模仿“北九宫”等已成系统的宫调体系建立的,其参照《中原音韵》、《太和正音谱》等北曲谱的“北九宫”系统,整理南曲作品中使用的曲牌名称,凡有与北曲谱相同者辄归入与北曲相同的宫调,从而奠定“南九宫”的基础框架；继而模仿“北曲套数”,按“同套同韵者归入同宫调”的原则,根据当时可见的南曲作品(包括南北曲选和传奇作品两大类)为其他曲牌划定宫调归属,并根据南曲曲牌的实际使用情况进行相应调整。“宫调出入”现象的大量存在是沈璟试图协调各类已有文献、使新建立的宫调规则与古本传奇作品对曲牌的使用尽可能相契合的结果。同时,“十三调”体系也是依上述方式建构的,沈璟《南曲全谱》对两者的合并方式是将“十三调”作为“南九宫”体系的补充,这说明“十三调”体系在沈璟的观念里并不是构建南曲宫调系统的必需要素。“南九宫”与“十三调”系以相同方式模仿不同曲谱对象产生的不同结果,二者不存在本质差别。尽管借用“宫调”的名称,南曲宫调并没有实际音乐意义,该体系的建立本质上是曲学家对南曲存在的大量曲牌进行归类,虽然并没能形成合理的分类系统,其对曲牌内部平仄格律的规范则具有重要的文体意义。此外,《南曲全谱》的宫调体系正式建立了“南曲”的创作格律规范,将先前唯一的“中原正音”定为“北曲”,并使“南曲”的地位与之并驾齐驱；从南曲谱的建设角度,《南曲全谱》是后世一切南曲谱建立的基石,“南九宫”和“十三调”体系则作为一种被默认的事实影响了后世所有的南曲谱编纂和相关理论研究。