基于TCGA数据挖掘的乳腺癌预后相关mRNA研究

来源 :皖南医学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:jushicahgn
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目的:乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤。具有预测乳腺癌患者生存期或帮助制定治疗决策的潜力生物标志物,其在治疗和预后方面具有的异质性对于个体化治疗至关重要。因此,积极深入研究有关乳腺癌早期发病机制及预后影响因素,寻找对于乳腺癌早期诊断、治疗、预后的潜在新的治疗靶点已成为当下临床研究的一个热点问题。本文基于公共数据库,旨在寻找可作为乳腺癌生物标志物的mRNA。方法:利用TCGA和GEO的转录组测序数据做差异分析,得到在乳腺癌中共同上调和下调的mRNA。然后对共同上调和下调的mRNA进行功能富集分析,即针对性的功能分析,并构建PPI网络。使用最小绝对收缩和选择运算LASSO模型进行回归分析构建预后模型,以此来鉴别预后高风险病例和低风险病例,并用验证集验证效果。结果:共鉴定出176个上调mRNA和562个下调mRNA,有丝分裂和阿米巴样细胞迁移分别是上调和下调mRNA的主要富集途径;PPI网络主要由6个模块组成;风险预后模型由ATP5B、DCUN1D4、FAM47E-STBD1、INPP5A、MMGT1、MRO、MURC、PGK1、RPL29、SDCBP2、SIPA1L1、STXBP5、TARS、TMEM233、WWOX和ZNF674共16个mRNA组成;预测训练集和验证集的一年、三年和五年的受试者工作特征曲线下面积分别为0.820、0.792、0.747和0.741、0.747、0.699;在乳腺癌4种亚型中,高风险组的OS均低于低风险组(P<0.05)。结论:mRNA的表达与乳腺癌患者预后有关,研究成果为乳腺癌的诊断和预后提供了候选生物标志物,由16个mRNA构建的乳腺癌预后模型可用于指导乳腺癌患者的预后,也为进一步阐明乳腺癌分子病理机制提供生物信息学基础。
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目的:通过分析食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)中gankyrin和c-myc蛋白的表达,进一步研究这两种癌蛋白与不同的临床特征之间的关系,以期探讨其在ESCC中发生、发展、转移中的所起的作用,并为ESCC的诊断和治疗提供了依据。方法:回顾性搜集2017年6月至2020年8月收住于皖南医学院第一附属医院弋矶山医院放疗科的食管鳞癌(ESCC)患
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目的:探讨初诊多发性骨髓瘤(multiple myeloma,MM)伴髓外病变(extrame dullary disease,EMD)患者的临床特征、预后及影响因素,并分析硼替佐米为基础的治疗方案对患者预后的影响。方法:研究纳入2014年1月1日至2020年12月31日皖南医学院弋矶山医院血液内科收治的多发性骨髓瘤患者108例,其中37例初诊时伴髓外病变(A组),71例为不伴有髓外病变(B组)。