在中央提出“走自主创新道路,建设创新型国家”战略的背景下,作为区域经济增长中的主要力量,都市圈创新体系的建设显得尤为重要。而长三角都市圈作为我国最为发达的都市圈,近年来受到社会各界的关注。本文通过研究长三角都市圈创新体系的运行机制,寻找出创新体系发展面临的问题,从而不断完善符合长三角都市圈特点的创新体系,进一步提高长三角都市圈的经济水平和竞争力。本文结合了都市圈和区域创新体系等相关理论,对于都市圈创新体系的运行机制进行了阐述,随后采用聚类分析的方法对于长三角都市圈创新体系的发展现状作了简单分析:长三角大都市圈城市可分为3类,而产生目前聚类差异的原因主要有:(1)地区经济发展状况;(2)利用外资情况;(3)城市的科研实力及中介服务能力。在此基础上,结合区域经济学和系统工程学相关理论,通过分析长三角都市圈创新体系运行机制的系统动力学特征,发现其系统内部的因果反馈回路,通过设定不同的变量,建立了长三角都市圈创新体系运行机制的系统动力学模型。该模型包含了政府子系统,企业子系统,高校和科研机构子系统以及中介机构子系统等四个主体,并通过选取国内生产总值,企业利润总额、研发效益、政府管理效益,科技人才总数和技术市场成交额等涵盖了四个子系统的综合性变量,对其进行仿真研究,检验了系统动力学模型的真实性,分析其仿真结果,得出了运行机制内部四个子系统的发展现状及所存在的问题,例如企业子系统主要还是依靠劳动力增长及投资增长所带动,创新活动及研发活动影响因子较小,还具有明显的粗放型特征。最后结合长三角都市圈的特点及发展要求,提出了改进其运行机制的相关建议。