梭菌属中的物种之间存在着巨大的异质性。基于16S r RNA序列的系统发育研究表明狭义梭菌属为真正的梭菌属。在狭义梭菌属中包含着一些重要的与植物相关的物种,比如非共生固氮菌。同时,植物内生环境宏基因组分析表明狭义梭菌属物种是内生菌群落中的主要成员之一。然而,内生梭菌的研究还是停留在几个物种中。本研究从滇重楼根茎中分离并鉴定出9株内生梭菌,经过基因组比较和系统发育分析,确定这9株新分离的菌株都属于狭义梭菌属。为了进一步探究内生梭菌基因组特征及多样性,本论文比较分析了内生与非内生梭菌基因组以及梭菌属ABE发酵（acetone-butanol-ethanol fermentation）通路相关酶基因的系统发育。结果表明内生与非内生环境下的梭菌菌株在基因组成上并无明显差异;ABE发酵通路中相较于产丁酸和产醇类的代谢通路,产乙酸的通路更为保守,与物种的演化更一致。近年来,从基因组层面重新审视梭菌属物种的系统发育关系备受关注。直系同源推断是系统发育基因组分析的基础。现有的直系同源推断主要是基于基因之间的序列同源关系,而基因家族之间更上层的关系在很大程度上是被忽视的。本论文开发设计了一种新的直系同源基因推断方法——OGProfiler,该方法基于社区发现算法,对基因的序列相似性网络进行层级制的分割聚类,在推断直系同源基因家族的同时,构建基因家族之间的高层次关系网络。通过基准数据集以及与Ortho Finder预测结果的比较两个方面验证了OGProfiler预测结果的可靠性。借助OGProfiler对梭菌属基因组完成了直系同源基因重新推断和基因家族关系网络构建。在单拷贝直系同源基因预测中,基于比较系统发育分析方法,发现OGProfiler与Ortho Finder并无明显差异。在基因家族关系网络中,结合基因家族功能注释结果,发现梭菌属中功能相同或相似的基因家族之间往往在序列上也存在着关联性。