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本研究采用大田试验，通过Biolog和PCR-DGGE技术，比较分析了种植转基因大豆PAT与其非转基因亲本PAT1、转基因大豆ALS与其非转基因亲本ALS1及当地主栽大豆中黄13对根际土壤主要理化指标、土壤酶活性(脲酶和过氧化氢酶)和土壤微生物群落功能多样性，以及土壤氮循环相关的微生物群落(固氮菌、氨氧化细菌和反硝化细菌)遗传多样性的影响。以期揭示转基因大豆的种植对土壤氮循环相关微生物多样性的影响。主要研究结果如下：1.对土壤理化及酶活性的研究发现：转基因大豆PAT和转基因大豆ALS土壤速效磷含量和全磷含量与相应亲本相比均显著降低(p<0.05)。转基因大豆PAT和转基因大豆ALS的种植与其相对应的亲本PAT1和ALS1相比全氮、硝态氮、铵态氮含量以及脲酶活性均差异不显著(p>0.05)，但转基因大豆PAT和转基因大豆ALS之间全氮、硝态氮含量和脲酶活性出现显著差异(p<0.05)。土壤有机质含量、pH值和过氧化氢酶活性在各处理间差异均不显著(p>0.05)。2. Biolog试验结果表明，在整个温育过程中，转基因大豆PAT和转基因大豆ALS土壤微生物活性均高于其亲本，当地品种中黄13根际土壤微生物活性介于转基因大豆和非转基因亲本大豆之间。转基因大豆PAT和转基因大豆ALS土壤微生物群落物种均一度(J)和优势度指数(D)较对应亲本均无显著差异(p>0.05)。主成分分析结果表明，转基因大豆PAT、亲本PAT1、非转基因亲本大豆ALS1以及中黄13土壤微生物群落碳源利用类型相似，仅转基因大豆ALS土壤微生物碳源利用类型表现出差异。对不同碳源的分析结果表明土壤微生物利用的主要碳源为糖类、氨基酸类、羧酸类和聚合物。3.根际土壤固氮微生物nifH基因DGGE试验结果表明，转基因大豆PAT和转基因大豆ALS分别与相应非转基因亲本大豆PAT1和ALS1相比根际土壤固氮微生物群落组成相似度均在60%左右。转基因大豆PAT和转基因大豆ALS土壤固氮微生物nifH基因多样性指数(H)和均匀度指数(EH)与相应亲本相比差异均不显著(p>0.05)。测序结果表明，两种转基因大豆与其相应非转基因亲本大豆根际土壤中固氮微生物主要隶属于蓝藻门(Cyanobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)。4.根际土壤氨氧化细菌DGGE试验结果表明，两种转基因大豆土壤氨氧化细菌种群分别与其相应亲本聚为一类，相似度均高于80%。但转基因大豆PAT和转基因大豆ALS之间相似度也高达75%。转基因大豆PAT和转基因大豆ALS土壤氨氧化细菌多样性指数(H)和均匀度指数(EH)与相应亲本相比差异均不显著(p>0.05)。测序结果表明，转基因品种与相应亲本及当地主栽大豆中黄13土壤氨氧化细菌群落结构组成除不可培养菌种外，主要由β-变形菌纲(Betaproteobacteria)的亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira)、亚硝化叶菌属(Nitrosolobus)和亚硝化弧菌属(Nitrosovibrio)组成。其中亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira)所占比例最高。5.根际土壤反硝化微生物DGGE试验分析结果表明，两种转基因品种分别与其相应亲本聚为一类，相似度均高于80%。转基因大豆PAT和转基因大豆ALS土壤反硝化细菌多样性指数(H)和均匀度指数(EH)与相应亲本相比差异均不显著(p>0.05)。从系统发育分析结果可知，转基因品种与相应亲本及当地主栽大豆中黄13的土壤反硝化细菌主要属于α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)和黄杆菌纲(Flavobacteria)。其中有6条属于α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)，占条带总数的50%。本研究对不同转基因大豆种植对土壤氮循环相关微生物的影响进行初步研究，结果表明不同转基因品种与其相应的亲本相比对土壤氮循环相关微生物无显著影响。